基因组大数据计算：CPU和GPU加速方案深度评测

随着NGS测序通量的大幅提高，搭配高效NGS二级分析技术的精准解决方案快速融进基因组学的各个应用领域：遗传进化、临床诊断、分子育种、医药开发等。以下我们通过对基于CPU和GPU不同硬件平台的NGS二级分析方案进行详细评测，以期为基因组学研究领域的用户提供参考。

Sentieon软件是面向CPU平台开发的，在不需要专用的编程语言，不依赖任何专用硬件的情况下进行快速基因变异检测分析，大幅降低了软件的配置、部署和维护成本。同时，Sentieon针对第三代和第四代Intel Xeon Scalable处理器（以前代号为Sapphire Rapids）进行了改进及优化，更适用于在多核系统上扩展，可以在Xeon平台上实现更快速地处理急诊科及ICU的紧急样本，也可在实验室环境下以更高的通量处理大量样本。

本次评测将比较面向CPU平台的Sentieon软件及面向GPU平台的NVIDIA Clara Parabricks的运算性能和分析准确性，以评估两者在基因组二级分析中的性价比及成本效益。

为什么没选择GATK

GATK是变异检测流程的行业金标准，但它是用Java写的，所以不是性能的金标准。伊利诺伊大学和梅奥诊所发表的文章已经证实，Sentieon 的运算性能明显优于 GATK，而且没