蛋白质晶体结构解析2

承接我的上一篇博客：
https://blog.csdn.net/weixin_62528784/article/details/144698291?spm=1001.2014.3001.5501

准备好数据：示例数据见下

文件大小: 2.4 GB

分享内容: P2S14_1.7z

（数据需要上传解压7z：直接上传，或者是解压后上传整个文件夹）

整体数据解析流程

主要进行数据索引的整合，使用工具CCP4中的iMosflm模块

目的：

问题：linux系统上安装的CCP4经常报错，windows安装的CCP4i也经常出问题，

以下操作使用windows的CCP4i2

1，新建项目并打开imosflm：

add image，在防止image的文件夹下随便添加第一张图片

2， Contrast按钮可以调整对比度

3，show beam center：

先点左上角的粉红色加号

再点左上角的绿色方框，在选右边的箭头，调整大小

4， resolution limit & spotfinding search area

注意：

在外面这里修改：

5，indexing：

从这一页可以看到晶体的空间群、晶胞参数：

实操如下：

index稍作修改：

6，cell refinement：

同样实操：我们可以发现优化前后晶胞参数变换较小

7，Integration ： 点击integration、process整合数据

右上角process：

直到360张img都处理完毕：

橙色还行，有点小问题但还能处理

8，quick scale：
tleb000001.mtz是integrate之后的文件，每个点是分开计算的，我们应该会在viewHKL中看到大约十几万到几十万个reflection，而merge&scale之后，相同的点会被记录为一个，进行平均、求标准差的过程，这个mtz是我们需要的mtz，而这个时候的reflection 大约应该是几万个，被称为Unique Reflecion（冗余度=总衍射点数/Unique Reflection number）。如果用tleb这套数据（最前面的原始数据），可以在imosflm integrate之后点击quick scale，生成scale后的mtz文件，（ctruncate_tlebXXX.mtz），然后观察

9，viewHKL是scale&merge之后的mtz文件数据：viewhkl观察数据

resolution范围：

reflections数目：

晶胞参数：

!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
过程草稿：主要是linux系统上的操作记录
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

2，首先是新建项目：

选择先前所存放的衍射数据文件夹：

总之：

如果要删除项目：

3，启用imosflm模块：在program list中

session：文件操作

settings：文件设置

实操即

然后就是基础的图片文件操作：

这里的对比度

一般设置600-700左右

粉色的是中心

这个是写在文件里的