全基因组序列对比~mVISTA，perl转化mvista格式（图文教程）

一、mVISTA的使用

首先，官方网址：https://genome.lbl.gov/vista/index.shtml

打开后如下，点击mVISTA

输入需要对比的序列个数

在对应位置输入自己的邮箱，上传目标序列的fasta格式文件 

这里有三个选项，LAGAN是多序列对比，Shuffle-LAGAN是检测重排

 在Name栏输入对应序列的名称，一般不能出现空格，可以用“-”代替

然后要上载文件，这里的文件格式要求必须是mvista格式的文件（要用perl语言转化，后续详细教程）

 一一对应上传后，点击submit提交

等待邮件的结果即可

 

二、perl语言将genbank格式转化为mvista格式

脚本来源于此：mVISTA格式文件：由Perl脚本处理GenBank注释文件而来 - 简书

复制代码到记事本，保存并命名为get_mVISTA_format_from_GenBank_annotation，文件格式是.pl

启动perl语言，这里我并没有改变路径，所以我直接把上面保存的文件拖入电脑文档文件夹下

同时还要将自己要转化的序列文件的genbank格式整理到一个文件夹中，并且也放入同一目录下

 

将get_mVISTA_format_from_GenBank_annotation.pl文件拖拽至＞后，两次回车，出现如下界面

复制example命令

 

 然后将input换成自己的文件路径和名称

回车后

这时候打开自己的文件夹，mvista格式就已经出来啦