JSTA：将空间转录组原始数据转换成单细胞水平空间表达谱的专用工具

最新推荐文章于 2024-10-13 23:49:20 发布
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分类专栏： 空间转录组 文章标签： 计算机视觉 人工智能 深度学习
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JSTA是一款用于将空间转录组原始数据转换为单细胞水平空间表达谱的计算工具，通过结合scRNA-seq参考数据，提高了细胞分割和类型标注的准确性。在与分水岭分割算法的对比中，JSTA在mRNA分配准确性上表现出优越性。它不仅在小鼠海马数据中成功恢复了细胞类型的空间分布，还在下丘脑视前区和体感皮层的数据集上展示了高分辨率的细胞类型绘制能力。JSTA揭示了细胞亚型的空间分布和转录相似性，为生物发现提供了新视角。
摘要由CSDN通过智能技术生成

基于RNA杂交的空间转录组方法提供了极高的RNA检测准确率。然而其需要使用图像分割算法将图像分割成细胞，将RNA检测转换为空间单细胞数据。把mRNA分配给细胞仍然是一个具有挑战性的问题，会大大影响组合FISH方法的整体准确性。

来自美国的科研团队提出了JSTA：一种利用空间转录组学数据和scRNA-seq参考数据进行细胞联合分割和细胞类型标注的新的计算方法。JSTA可实现高分辨率的细胞分割映射和细胞类型标注。  

JSTA是什么？

JSTA是将转录物的原始测量值及其坐标转换成空间单细胞表达图谱的一种新的计算方法。其计算框架是基于改进最初的分水岭分割算法，通过纳入每个像素的细胞（子）类型概率，并根据这些概率迭代调整边界像素的分配。

JATA概述

JSTA能够利用现有的基于scRNA-seq的参考细胞类型分类法来同时分割细胞，将细胞分类为（子）类型，并将mRNAs分配给细胞。空间转录组学与现有scRNA-seq信息的独特集成可提高图像分割的准确性并增强空间转录组学的生物学应用。不同于其他方法，JSTA不是一个通用的图像分割算法，而是一个专门设计用来将原始的空间转

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