Galaxy云上转录组流程更新：提供BAM文件下载

越来越多的用户使用我们的云上转录组流程，我们也应用户的要求不断地对流程进行更新和优化，如增加特殊的参考基因组等。

本次更新亮点：

• 提供BAM文件下载。

现在，转录组流程会输出3组文件：

• Expression Counting，包含质控以及表达量矩阵的打包文件。
  

• List of Pairs，样本信息。

• BAM files，比对到参考基因组的 BAM 文件。
  

之前为何不提供 BAM 文件的下载？因为 BAM 通常比较大，下载会占用服务器较大的带宽。但是有些用户又确实需要 BAM 文件，因此我们本次更新还是提供了下载选择。希望大家确实需要时才下载 BAM，合理利用服务器资源。

众所周知，我们云上转录组流程整合了一组非常流行的工具，核心是 Hisat2 + Stringtie，其步骤为：

1. fastp，进行质量控制，去除测序数据中不合格的序列，保留高质量序列用于后续分析；

2. hisat2，将经过质控得到的 Clean data，比对到参考基因组上；

3. samblaster，去除PCR或光学重复;

4. samtools，去除不合格的比对序列，将 SAM 文件转换成 BAM 文件；

5. stringtie，结合 hisat2 得到的比对文件（BAM）和基因组注释文件（GTF），进行定量分析，得到每个样本的表达量文件（FPKM / TPM）；

6. prepDE.py，将 FPTM / TPM 转化为 Counts 计数的表达量矩阵，用于后续差异基因等分析。

欢迎大家使用。

关于简说基因

• 生信平台

  Galaxy中国（UseGalaxy.cn）致力于打造中国人的云上生物信息基础设施。大量在线工具免费使用。无需安装，用完即走。活跃的用户社区，随时交流使用心得。

• 生信培训

  简说基因的生信培训班，荣获学员的一致好评。如果你也对生物信息学感兴趣，欢迎来跟简说基因，学真生信。
  

• 生信分析

  我们能够承接所有 NGS 组学数据分析业务，包括但不限于 WGS / WES / RNA-seq 等。基因组组装、注释，以及各种重测序业务都可以与简说基因合作。