Aspera：高速下载NCBI和EBI基因组数据

最新推荐文章于 2025-03-20 23:38:48 发布

简说基因-专业生信合作伙伴

最新推荐文章于 2025-03-20 23:38:48 发布

阅读量1.3k

点赞数 13

本文链接：https://blog.csdn.net/weshengxin/article/details/144838505

版权

我们通常用wget或curl下载文件，然而由于 NCBI 和 EBI 网站都在国外，有时候下载速度非常慢，如果文件特别大，就可能非常难受甚至是不可能完全的任务了，这时可用 aspera 进行高速下载。

安装 Aspera

首先进入aspera 官方网站，找到「IBM Aspera Connect」，进入下载页面，找到对应的版本与平台，这里以 Linux 平台最新的 3.10.0 版本为例进行介绍。

# 下载
wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/092u0/0/ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12-64.tar.gz

# 解压
tar xvf ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12-64.tar.gz

# 解压后得到一个脚本文件，运行该脚本，即可完成自动安装
sh ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12-64.sh

# 所有安装文件都在~/.aspera/connect目录下，添加环境变量
echo'export PATH=~/.aspera/connect/bin/:$PATH' >> ~/.bashrc

# 使环境变量生效
source ~/.bashrc

# 查看ascp可执行文件所在的路径，应该是：~/.aspera/connect/bin/ascp
which ascp

# 看程序是否能正常运行
ascp -h