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分箱专题
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参考基因(组)集
病毒组
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Linux与Shell
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R统计绘图
R语言基础
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- R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
- 数据可视化基本套路总结
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- 你知道R中的赋值符号箭头
<-和等号=的区别吗？ - 使用dplyr进行数据操作30例
- 交集intersect、并集union、找不同setdiff
- R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换
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ggplot2绘图基础
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实验设计与技术
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基础知识
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- 群落生态学的 α-、β-、γ-多样性
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- Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
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- 二代测序数据统计分析中为什么是负二项分布？
- 读懂PCA和PCoA
- 宏基因组基础知识梳理
- 功能基因多样性研究概述
- 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
- 环境因子关联分析—CCA还是RDA
- P值背后那些事儿
- 轻松看懂机器学习十大常用算法
- 一文读懂随机森林在微生态中的应用
- 你想知道的ROC曲线
- 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson
- 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq
- 一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用
- 小麦的一生矢量图收藏贴-从种子的萌发到完熟
文献解读
*作者解读(由论文作者亲自讲述文章结果和背后的故事)。
Nature
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- Nature：iHMP之“微生物组与炎症性肠病”
- Nature：iHMP之“微生物组与前驱糖尿病”
- Nature：人体菌群研究的25个里程碑
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- Nature：微生物的胆汁酸代谢物调节宿主肠道特异Treg细胞的稳态
- Nature专题：肠道菌群研究的现在和未来
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- CHM综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会
- CHM：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系
- CHM：成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关
- CHM：中山大学李剑峰组揭示植物利用细菌获得真菌抗性
Gut
PNAS
Microbiome
- Microbiome：环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布*
- Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环*
- Microbiome：40年施肥处理后固氮菌及氮固定受抑制 新闻稿:南土所褚海燕组揭示长期施肥抑制根际微生物固氮的作用机制*
- Microbiome：根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌*
- Microbiome：马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展*
- Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？*
- Microbiome：鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)*
- Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关*
- Microbiome：利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组*
- Microbiome：随机过程主导亚热带河流微型真核浮游生物群落构建*
- Microbiome：扩增子16S分析苏铁类植物微生物组*
- Microbiome：韦中组揭示根际原生动物群落是决定植物健康的关键因素*
- Microbiome：野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物对核污染的反应
- Microbiome：微生物在植物世代之间的旅程
- Microbiome：南农张瑞福团队揭示放牧引起草原微生物组变化驱动土壤有机碳的转化和生产力的提升
- Microbiome：中科院遗传发育所揭示植物发育和氮肥共同作用下的小麦根系微生物组
- Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
- Microbiome：NGLess语言实现快速可重复分析宏基因组的流程NG-meta-profiler
ISME J
- ISME：群落构建过程的平衡介导农田土壤微生物群落物种共存*
- ISME：污水厂抗性组受细菌组成和基因交换驱动且出水中抗性表达活跃*
- ISME：城环所杨军组揭示水库蓝藻影响真核浮游生物的群落演替和物种共存*
- ISME：宿主性别可以决定肠道微生物对寄生虫感染的响应*
- ISME：病原菌介导植物根际有益微生物群落组装
- ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸
- ISME：微生物生态学中的挑战：建立对于群落功能与动态的预测性认识
- ISME：高手开杠-‘1%的微生物可培养’到底为哪般？
- ISME：相关分析在微生物生态学中的应用与误用
Genome Biology
Cell Research
Protein & Cell
Molecular Plant
Genomics Proteomics Bioinformatics
mSystem
Frontier in Microbiology
土壤微生物杂志SBB/SEL
- SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究*
- SBB：增温掩盖不同形态氮素对青藏高原草地微生物群落的作用*
- SEL：力争成为土壤生态学界的“Cell”
- SBB：南土所褚海燕组-pH主导土壤中固氮群落的共存与装配
- SBB：土壤微生物群落的特征究竟由什么决定
- SBB：替代固氮酶对非共生固氮可能的贡献
Current Opinion
- COM：重组菌群体系在根系微生物组研究中应用*
- COM：下一代微生物组技术在作物生产中的应用——局限性以及基于知识的解决方案的需求
- COM：病原体之外-微生物组与植物免疫系统的相互作用
- COM：根系-土壤-微生物互作
- COB：自然界的循环利用-厌氧微生物群落推动着自然生物质的降解
EST
综述
- BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展*
- FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪
- TEE综述：植物—土壤反馈(PSF)：自然和农业科学间的桥梁
- MER：系统了解宏组学实验与分析
- 淡水：21世纪的分子微生物生态学
- ARM：植物微生物组的生态学与进化
- Ecology&Evolution|微生物功能多样性从概念到应用
中国科学
其它
- BMC：幼儿关节炎患儿肠道菌群的特征*
- WR：微生物污染源解析中宿主特异性标记物在中国的表现特征*
- Science Bulletin：上海植生所王二涛组发表基于绝对定量丰度的植物根际微生物群落“扩增-选择”组装模型*
- JCR：曝气生物滤池处理焦化废水过程中N2O和NO的产生机理与群落功能研究*
- Fungal Diversity：70位作者共同修订真菌界担子菌门分类系统
- PB：玉米气生根分泌物支持的高效生物固氮
- EL：谁说N素含量高就不固氮了(本研究反而“多多益善”)
- BT：关键胞外酶触发了细菌群落演替偶联的高效堆肥
- Viruses：病毒宏基因组学揭示马来亚穿山甲受仙台病毒和冠状病毒的侵染
- NewPhy.-揭秘优势种dominant species
- Gut Microbes：南医大刘星吟团队揭示肠道微生物与孤独症相关*
- 中国微生物组计划—农作物微生物组*
- 应用生态学报：东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较*
- EID：宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用*
- EP：广东省生态环境技术研究所孙蔚旻团队: 梯田土壤微生物对不同酸性矿山废水侵蚀作用的响应机制*
- Current Biology: 微生物所白逢彦组段守富揭示酿酒酵母通过基因网络的逆向进化适应环境的新机制*
- Plant Com：绝对定量检测宿主微生物组的HA-QAP技术简介* 全文解读
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科普视频-寓教于乐
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原创
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其它
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写在后面
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