Rob Knight: PCR不需要做三个平行再混合！

Journal: BioTechniques

Published Online:24 May 2019

Corresponding author: Rob Knight

看通讯识文章~

3个PCR混合常用于高通量测序过程中，用于消除单次PCR带来的误差。

近年来DNA聚合酶的活性和稳定性有了很大的提高，是否需要做那么多平行(时间、金钱、人力成本)开始受到人们的关注。

本实验实施于3个独立的实验室，测试不同环境（粪便、土壤、海洋沉积物、海水、皮肤、口腔、床垫灰尘样本）得到的373个样本，比较单次PCR和3次PCR混合产物经16S测序后的差异。

DNA提取和PCR扩增采取Earth Microbiome Project (EMP) protocol。

QIIME2 + Deblur进行处理。

1

结果表明单次PCR得到的reads显著高于三次PCR混合，且A.单次PCR的sequencing dropout rate更低。B.alpha多样性(shannon)无显著差异，C. Unweighted UniFrac表征的beta多样性表明样本按照不同环境，而不是PCR平行数分开。D.Weighted UniFrac表明样本之间的差异不同环境>生物学重复>技术重复。

分类学上变化也可以忽略不计。在种、属、门水平上共有物种为97.8%，98.4%和100%。

2

由于不同环境类型得到的结论可能会模糊特定样本类型的关系，作者还测试了得到的结论是否适用于单独的农业样本。从三个不同地点、跨越两个季节采集了根和根际样本。所有结果和上面相同。

除此之外，作者又对96个建筑材料中的样本进行了检测。结果仍相同。

综合所有结果，做三个PCR混合增加了成本，且并没有提升准确性。因此做一个即可。

Website:

https://www.future-science.com/doi/10.2144/btn-2018-0192

(阅读原文直达)

—END—

一个环境工程专业却做生信分析的深井冰博士，深受拖延症的困扰。想给自己一点压力，争取能够不定期分享学到的生信小技能，亦或看文献过程中的一些笔记与小收获，记录生活中的杂七杂八。

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