TBtools - 超过一万人在使用的生信小工具

最新推荐文章于 2024-05-17 09:47:23 发布

刘永鑫Adam

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TBtools是一款专为湿实验生物学家设计的生物信息学工具包，经过五年发展，已迭代150多个版本，拥有超过10000用户。它提供了130多个GUI功能，涵盖序列分析、BLAST、功能富集、文本处理和可视化等，包括独特的交互式数据分析工具和绘图引擎JIGplot，使用户能够高效地探索和理解数据。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

五年磨一剑，霜刃未曾试。

写在前面

TBtools 命令行接口一直保留着我开始开发 TBtools 的时间。至今已有五年，也迭代了至少150个的版本，累计不少于10000用户。TBtools 与用户群体一直是共同成长。五年时间，直接可以覆盖了一个直博的硕士，从入学多到博士毕业并就职。

2015年，开始 TBtools 开发
2016年，对外释放 TBtools
2017年，迭代开发绘图引擎 JJplot -> JJplot2 -> JIGplot
2018年，在用户的催促下，我草草投了一个bioRxiv预印本。
2019年，在博导的帮助下，修改并提交了预印本的 Version 2。
2020年，即近期，我们再次修改并提交了预印本的 Version 3。

目前这个预印本，我觉得基本拿得出手，因为他可以大体说明清楚 TBtools 的一部分不错的特性。现，我将最新版本的预印本 http://biorxiv.org/content/10.1101/289660v3 解读如下。

TBtools 的开发目的

为湿实验生物学家开发 - Developed for wet-lab biologists
一图胜千言，引用代表我的心。

2019至今，已有350+引用（0月0日至0月0日，共不到 00天，平均每天 1 个 citations）。

开发成一个功能相对全面的工具 Developed as an integrative toolkit
TBtools 伴随着我个人课题和实验室课题需要，功能不断增加与完善，同时也兼顾上万用户的“狂怼怒喷”。当前已释放 GUI 功能 130+ 个，覆盖大多数生物信息学数据常见分析需要，如序列提取，BLAST，功能富集，文本处理，可视化，甚至还有两个小游戏！

开发为交互式数据分析工具 Developed to interactively present data

可视化只是可视化，可视化分析才是王道。为此，如上述，我迭代了两个版本，开发了专门的绘图引擎，JIGplot。交互式操作，有助于用户更好地了解和探索数据。以热图工具为例，充分的参数开发。最终得到一个结果：

别人教你用十个工具画一种热图，用TBtools，一个功能你可以画十种热图。

TBtoos中备受喜爱的功能

简单阐释这张图中设计的功能：

卡通热图功能：世上唯一一款本地化GUI实现
个性化热图：拖拽图例，定点缩放，热图环化，世上第一款本地化GUI实现【其他的都是Follower】
Simple Circos：Circos图的本地GUI工具当然有，但是体验好的只有 TBtools
Upset Plot: 世上第一款本地化GUI实现【其他的都是Follower】
自动化共线性模块挖掘：Emmm....识货的才知道其交互分析的有用之处
基因家族相关可视化工具：人狠话不多，世上第一款，反正很多人用。
染色体柱形图特征可视化：其实不少隐藏选项....
进化树注释工具：这个...也挺好用的。你会R，那就ggtree；你不会R，那就TBools。
Fasta序列提取工具：啥也不说，用的人太多。反正，我认为有需求，大家都不想写的功能，我写了。
强大的基于GTF/GFF3的序列提取工具：写得是真好，目前没有更好的了。

写在最后

TBtools 能干啥？我也不知道。
但是我知道，他必然得到认可。
五年前，TBtools 伊始。有不少人看不上，甚至吐槽 laji。
五年后，我看到一些平台，甚至是已经发表的软件在 copy TBtools 的一些交互式特点。虽然我个人觉得 TBtools 没发表，而我个人思考和设计出来的交互式模式被已发表的软件cp，有点别扭。不过，有 followers，却也说明 TBtools 流弊！
一句话总结：
只要你觉得自己做的是对的，那就一直做下去。
时间，会告诉你答案。

软件主页：https://github.com/CJ-Chen/TBtools

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写在后面

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