“
福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课 。期待和大家的线上线下相识。
转录组线上直播时间:2020/01/29-2020/01/31
宏基因组线上直播时间:2021/01/22-2021/01/24
扩增子线上直播时间:2020/04/09-2020/04/11
报名链接:http://www.ehbio.com/Training/index.php/Home/Index/index.html
”
常规转录组是我们最常接触到的一种高通量测序数据类型,其实验方法成熟,花费较低,是大部分CNS必备的技术,现在就如做个PCR一样常见。而且分析思路简洁清晰,是入门生信,学习生信分析思路和数据可视化的首选。
数据分析是相通的,通过一个简单的课程理解其中的原理,就可以推而广之,延伸到其它类型的数据分析,如扩增子、宏基因组、单细胞等。
第十三期 高级转录组分析和R数据可视化在于2021年1月29日线上线下同步开班,将系统讲述基于和不基于比对的转录组分析流程,从原始数据到表达矩阵、差异基因、转录组拼装、可变剪接、非编码RNA、ceRNA、转录因子调控网络、富集分析、加权共表达网络、通路分析、可视化绘图等一系列常见操作,理论和实践兼备。
课程大纲
每节课1小时一个主题,理论结合实战,学懂原理,实战实操,全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排,如11代表第一天第一节课,26代表第二天第六节课,41为两周后的线上集中视频答疑。
编号 | 内容 | 简介 |
---|---|---|
01 | 视频学习Linux基础 | 预付后提供学习视频 |
02 | 视频学习R基础 | 预付后提供学习视频 |
03 | 软件安装 | 预付后提供安装视频 |
04 | 支付全款 | 提供全部视频用作预习 |
11 | 转录组概述 | 转录组设计、应用、批次效应等 |
12 | 转录组分析流程简介 | 基于/不基于比对的分析流程讲演 |
13 | Salmon定量实战 | 不基于比对直接定量基因和转录本的表达 |
14 | 差异基因分析 | DESeq2多组差异基因分析、热图、火山图 |
15 | GO富集分析和可视化 | 泡泡图、热图、网络图、弦图 |
16 | GSEA富集分析和可视化 | 分组和时间序列GSEA |
21 | 二代三代测序原理介绍 | 建库测序过程及注意事项 |
22 | 原始数据比对回基因组 | STAR比对和定量 |
23 | 基于count的差异基因 | 批次效应鉴定和移除 |
24 | Linux下转录组环境配置 | Conda软件安装、配置 |
25 | 基因组浏览器数据可视化 | IGV呈现reeads比对、峰图、Sashimiplot |
26 | 转录本拼装StringTie | 可变剪接分析rMATS |
31 | 文章常见图表绘制解读 | Illustrator制作CNS标准图版 |
32 | WGCNA基因加权共表达 | 网络分析和性状关联 |
33 | 非编码lncRNA鉴定 | ceRNA分析 (miRNA-lncRNA-gene调控) |
34 | 无参转录组分析 | Trinity组装 eggnog注释 |
35 | 转录调控分析 | 转录调控网络 |
36 | Marker基因鉴定 | PCA,随机森林 |
41 | 答疑-线上 | 答疑、考试内容串讲 |
该课程为第13期,整个过程都比较成熟,可以在最短时间学习最多知识。
往期评价
教程内容简介如下:
转录组的应用、设计和案例分享
转录组学研究技术介绍
转录组学实验设计和测序原则、注意事项
二代、三代测序过程和原理解析
转录组学文章案例分析
在线基因表达资源数据库
转录组分析流程实战
不基于比对的差异基因分析
基于比对的差异基因分析
转录本组装和选择性剪接分析
转录组高级分析
WGCNA基因、表型关联分析
转录组常见图形在线绘制
KEGG/Reactome通路图绘制,表达映射
常见图表解读和图形编辑排版
在培训上,结合发表高水平文章,进一步讲解16种常用分析图的原理和使用范围,让你不仅读懂图,更知道如何应用于自己的研究,并亲自轻松完成绘图。
针对大家使用R语言绘图学习时间成本较高的问题,易生信团队针对常用16种图开发了免费绘图网站,一键出图,更可鼠标点选参数修改图形的个性样式。
成果发表是科研过程中不可缺的一部分,发表成果又少不了图形展示。文章图表排版是否整齐规范、协调一致、重点突出对一篇文章的发表也是有不少贡献的。之前推出的文章发表图的修改和排版讲演了部分图形编辑和排版操作,本次培训也会实践从原始图形、到细节修饰再到排版发表的整个过程和注意事项。基因组浏览器用于多组学数据的可视化和关联分析,本地有IGV,在线有UCSC genome Browser和Epigenomebrowser,各有特色。
生信基础知识
Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用
Linux/Windows下转录组分析流程的搭建
生物学家必要掌握的Shell和R语言基础知识。
(如果基础薄弱,报名付款成功后,可免费领取基础程序课,做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)
授课模式
本课程以讲解流程和实际操作为主,采用独创四段式教学,封装好的代码全部分享,随处可用:
第一阶段 3天集中授课;
第二阶段 自行练习2周;
第三阶段 在线直播答疑;
第四阶段 培训视频继续学习;
实现教-练-答-用四个环节的统一协调。
培训时间
每天早9点到晚5点
授课地点 (暂定,鼓楼附近)
北京市西城区鼓楼附近(鼓楼地铁站周边1公里)。
线上采用腾讯会议直播。
课程价格
开课两周前报名 4500 元/人 (报名官网查看更多优惠)
名额有限,每次课程报名满40人后自动关闭报名通道
提供易汉博基因科技实习机会或工作机会
课程福利
座位按报名并缴费或预付款成功顺序从前到后龙摆尾式排序
赠送价值99元程序基础课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)
多人 (N,10>N>1) 组团报名并同时缴费,每人还可减免N-1百元 (最高500)
线下赠送金士顿U盘一个(32G含培训数据和脚本)
附推荐与分享对应的招生信息到朋友圈,截图发到train@ehbio.com 可获得200元生信宝典腾讯课堂课程优惠券(可拆分供多个课程使用)
易生信同时推出多门相关课程,连报优惠——同时选2门课,95折;三门课9折,4门及以上85折。还可与团购同时优惠!扩增子(项目初探)+宏基因组(高精尖),祝你分析水平更上一层楼。
复制以下链接
http://www.ehbio.com/Training/ 或
点击阅读原文跳转报名页