AC｜崔丽/任斌在拉曼光谱结合深度学习识别病原菌胞外囊泡

最新推荐文章于 2024-12-19 08:10:20 发布

刘永鑫Adam

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文章标签：算法人工智能机器学习大数据 python

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版权

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.2c02226

题目：Deep Learning-Enabled Raman Spectroscopic Identification of Pathogen-Derived Extracellular Vesicles and the Biogenesis Process

期刊：Analytical Chemistry [IF 8.008]

发表日期：2022-08-27

第一作者：Yi-Fei Qin、Xin-Yu Lu

通讯作者：崔丽、任斌

单位：中国科学院城市环境研究所、厦门大学化工学院

DOI：10.1021/acs.analchem.2c02226

病原微生物感染，特别是具有抗生素抗性的病原菌感染，被世界卫生组织列为全球健康的重大威胁。病原微生物来源的细胞外囊泡（EVs）被视为引发感染事件的 “远程武器”。EVs是由细胞分泌的尺寸为40-200 nm的膜囊泡。从致病菌释放的EVs携带来自致病菌的内含物，如蛋白质、核酸、碳水化合物、脂质和毒力因子等致病因子。特别是EVs尺寸小，可以穿过病原菌难以穿越的血脑和胎盘屏障，将致病因子送至宿主细胞，激活宿主免疫系统，并可能加速细菌感染过程。因此，快速准确识别不同微生物尤其是病原菌来源的EVs，对于感染的早期诊断、及时干预和治疗非常重要。

　　近日，中国科学院城市环境研究所崔丽研究员与厦门大学化学化工学院任斌教授团队合作，开发了基于拉曼光谱结合深度学习的方法，实现了对不同病原菌来源细胞外囊泡的快速精准识别和生成机制研究。相关研究成果以Deep Learning-Enabled Raman Spectroscopic Identification of Pathogen-Derived Extracellular Vesicles and the Biogenesis Process为题发表在国际期刊 Analytical Chemistry上。崔丽研究员团队长期致力于环境微生物单细胞前沿分析技术的开发研究，近年来针对环境耐药菌和有益功能菌，在发展单细胞拉曼光谱联用稳定同位素标记、单细胞分选和基因测序等方面，取得系列成果，引起国际同行关注，并将相关技术拓展应用至病原菌来源的细胞外囊泡领域。任斌教授团队长期致力于发展高灵敏度和高时空分辨的光谱仪器方法，近年利用机器学习实现信号去噪，成像超分辨重构和光谱分类等方面取得系列进展。

拉曼光谱结合深度学习模型的构建

　　该团队针对6种典型临床病原菌及其分泌的EVs，采集三个不同批次样品的拉曼光谱，建立了包含4335条光谱数据的拉曼数据库，并开发了基于注意力机制的神经网络（aNN）深度学习算法鉴别不同EVs的拉曼光谱。该算法在革兰氏阴性/阳性水平、菌种水平、抗生素耐药和敏感菌株水平，以及相同菌株不同生理状态水平下，均能实现对EVs的准确鉴别，准确度分别达到96%以上（革兰氏阴/阳和菌种），93%以上（菌株）和87%以上（生理状态），显著高于其它机器学习和深度学习算法。进一步发展了积分梯度法算法（IG），挖掘拉曼光谱所包含的丰富生物化学信息，实现了不同来源EVs拉曼标志峰的可视化。通过比较EVs及其病原菌的拉曼光谱指纹特征，对EVs形成过程中携带内含物的化学性质（如外膜脂质的变化）等方面有了新的理解。未来可发展对纳米单颗粒进行分析的拉曼平台和算法，实现血液、尿液和痰等临床样本中混合EVs的直接检测和识别，这对早期诊断细菌感染源、及时指导治疗和解析EV引发的感染机制等具有重要意义。

　　该研究得到国家自然科学基金优秀青年基金（21922608），面上项目（22176186），中科院从0到1原始创新项目（ZDBS-LY-DQC027）等项目的资助。

通讯作者

崔丽 (Li Cui)，研究员，博士生导师，国家优秀青年科学基金获得者，中科院青年创新促进会会员。2002年获厦门大学化学系学士学位，2008年获厦门大学理学（物理化学专业）博士学位。2008.9-至今在中科院城市环境研究所工作，2010. 10评为副研究员，2019.01评为研究员。英国牛津大学（2015.8-2016.2），兰卡斯特大学（2015.2-2015.7）和瑞士伯尔尼大学访问学者（2009.11-2010.2）。至今已在化学和环境国际主流刊物J. Am. Chem. Soc., Anal. Chem.（7篇）, Environ. Sci. Technol., Water Res，J Mem Sci, Soil Biol. Biochem，J Phys Chem等发表论文45篇。先后承担国家自然科学基金项目5项，科技部项目1项，省市基金3项。

研究领域：

环境生物分析化学，尤其是发展和利用单细胞拉曼/表面增强拉曼光谱，及其与稳定同位素标记和分子生物学的联用技术，开展环境微生物的研究，如抗生素抗性、氮磷微生物利用过程、生物膜、纳米毒性、微塑料及附着微生物和生物膜等。

个人简历：

‍博士（厦门大学，1998）
学士（厦门大学，1992）
洪堡学者（德国 Fritz-Haber 研究所，2002）
先后获得教育部霍英东青年教师基金和新世纪优秀人才、国家杰出青年科学基金、中国化学会青年化学奖和中国电化学青年奖。‍

研究领域：

光谱电化学，电催化，电分析，表面等离子体光学，纳米电化学，纳米生物分析，纳米材料合成等。

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