QIIME 2教程. 22Python命令行模式Artifact API(2024.2)

刘永鑫Adam

于 2024-04-27 07:46:27 发布

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文章标签：机器学习数据挖掘人工智能

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本文介绍了Python命令行模式下QIIME 2的Artifact API，它支持用Python 3与QIIME 2进行交互式计算，无需额外安装软件。还讲述了使用Python运行QIIME 2、与其他Python库的互操作性以及组合接口等内容，为微生物组数据分析提供了便利。

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Python命令行模式Artifact API

Artifact API (using QIIME 2 with Python)

https://docs.qiime2.org/2024.2/interfaces/artifact-api/

https://www.bilibili.com/video/BV1x1421R773/

注：本指南假定您已执行“04人体微生物组分析Moving Pictures”教程中的步骤。在此使用该教程中生成的table.qza table.qza和sample-metadata.tsv 文件。

Artifact API是QIIME 2的Python 3应用程序程序员接口（API）。Artifact API支持使用Python 3编程语言与QIIME 2进行交互式计算。该API供高级/技术用户使用。该API是自动生成的，其可用性取决于当前安装的QIIME 2插件。它已针对Jupyter Notebook 中的使用进行了优化，Jupyter Notebook目前是我们使用此API的主要目标。Artifact API是QIIME 2框架的一部分；无需安装其他软件即可使用它。

使用 Python 运行 QIIME 2

现在，我们将探索4人体各部位微生物组分析Moving Pictures tutorial 教程中介绍的相同方法和可视化工具，这次使用Python解释器而不是命令行界面。首先，我们将加载QIIME 2 Artifact，在本例中为功能表。然后，我们将其传递给 q2-feature-table插件的rarefy方法，该方法将返回新的对象。

>>> from qiime2.plugins import feature_table
>>> from qiime2 import Artifact
>>> unrarefied_table = Artifact.load('table.qza')
>>> rarefy_result = feature_table.methods.rarefy(table=unrarefied_table, sampling_depth=100)
>>> rarefied_table = rarefy_result.rarefied_table

与其他 Python 库的互操作性

虽然我们建议直接使用QIIME 2 Artifacts，但是可以在一个或多个兼容视图（Python对象/数据结构或文件格式）中访问基础数据。例如，您可能要访问刚刚作为pd.DataFrame 对象创建的稀疏功能表。您可以按照以下步骤进行操作：

>>> import pandas as pd
    >>> df = rarefied_table.view(pd.DataFrame)
    >>> df.head()
            b32621bcd86cb99e846d8f6fee7c9ab8  99647b51f775c8ddde8ed36a7d60dbcd  \
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