MicrobiomeStatPlot | 桑基图教程Sankey plot tutorial

桑基图简介

桑基图又称桑基能量分流图或桑基能量平衡图，是一种特定类型的流程图，是一种表现数据间包含和权重关系流向的统计图标，常见的布局形式有左右流向布局和上下流向布局，其中线条的粗细代表了数值的大小，线条的颜色代表不同的分支种类，通过线条流动的位置和归属，来表现各类别数据之间的包含关系。

桑基图的起始流量和结束流量相同，所有主支宽度的总和与所有分出去的分支宽度总和相等，保持能量的平衡；各主支和分支不同的宽度代表了不同的流量大小；不同宽度的线条代表了不同的流量分流情况，线条的宽度成比例地显示此分支占有地流量。

桑基图用于描述一组数值转化成另一组数值的流向，观察数据的流转情况。

标签：#微生物组数据分析  #MicrobiomeStatPlot  #桑基图  #R语言可视化 #Sankey plot

作者：First draft(初稿)：Defeng Bai(白德凤)；Proofreading(校对)：Ma Chuang(马闯) and Jiani Xun(荀佳妮)；Text tutorial(文字教程)：Defeng Bai(白德凤)

源代码及测试数据链接：

https://github.com/YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot/项目中目录 3.Visualization_and_interpretation/SankeyPlot

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桑基图应用案例

本文是上海交通大学Chen Haoyan课题组于2023年发表于Cell Host & Microbe上的一篇文章用到的桑基图和气泡图结合，展示KEGG功能通路和KO基因差异。题目为：Multi-kingdom gut microbiota analyses define bacterial-fungal interplay and microbial markers of pan-cancer immunotherapy across cohorts.

图 6 |  PD-1 阻断剂应答者和非应答者的微生物功能变化

（左）Sankey 图显示京都基因