GWAS理论 1-4 关联分析模型和常用软件介绍

最新推荐文章于 2024-07-20 01:00:00 发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/wt141643/article/details/105808876
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这篇博客介绍了GWAS中的Case-Control关联分析模型和动植物数量性状关联模型，如加性模型（GAM）和MLM。讨论了非连锁相关的影响，包括人工填补的位点、群体结构和亲缘关系。还提到了常用的软件，如PLINK、TASSEL和GAPIT，强调在动植物研究中TASSEL的应用及其支持的BSLMM模型。eQTL的概念也被提及，它是研究基因表达与数量性状关联的重要工具。
摘要由CSDN通过智能技术生成

一、Case-Control 关联分析模型 （第一部分主要是在人类中）

卡方检验

举例



逻辑回归

逻辑混合模型

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关于SOC、态势感知，5种常见的关联分析模型
zhulinu的专栏
06-08 1万+
引言 在很多安全分析类产品建设的过程中都会涉及到关联分析，比如日志分析，soc，态势感知，风控等产品。关联分析可以认为是这类产品中最核心的能力之一。这个东西从名字上看就知道，千人千面，每个人的想法和理解都不一样。很多甲方都会提关联分析，但你要在细问要做什么样的关联分析，估计大多数甲方都不太能详细说出来，很多乙方对此也是藏着掖着，可能也是核心机密不愿意细说。下面就来聊一下我对关联分析模型的一点思考。 一、概述 有很多公司在自己的产品介绍中说自己的产品有多少种内置规则等等，仔细分析就会发现很多是一个模型出
GWAS 分析模型 | FaST-LMM
long_1998的博客
11-27 701
输入文件 SNP 数据应该为 PLINK 格式（ped/map, tped/tfam, bed/bim/fam, or fam/dat/map）。这些文件中的表型条目必须被设置为虚值并将被忽略（FaST-LMM 软件使用单独的表型文件）。指定一个小于核心数的数字可能会使计算机在运行 FastLmmC 时不会在程序的不同阶段消耗所有的 CPU 资源。第一列 familyID 与第二列 individualID 相连接从而为个体创建唯一的标识符，并与上述 PLINK 文件中的个体条目相匹配。
关联分析——啤酒与尿布的故事
最新发布
2303_82176667的博客
07-20 652
关联分析是一种无监督学习，它的目标就是从大数据中找出那些经常一起出现的东西，不管是商品还是其他什么 item，然后靠这些结果总结出关联规则以用于后续的商业目的或者其他项目需求。
《大数据分析原理与实践》一一第3章 关联分析模型
weixin_33889665的博客
07-03 975
第3章 关联分析模型 关联分析用于描述多个变量之间的关联。如果两个或多个变量之间存在一定的关联，那么其中一个变量的状态就能通过其他变量进行预测。关联分析的输入是数据集合，输出是数据集合中全部或者某些元素之间的关联关系。例如，房屋的位置和房价之间的关联关系或者气温和空调销量之间的关系。关联分析主要包括如下分析内容：（1）回归分析回归分析是最灵活最常用的统计...
关联分析模型
JasonH2021的博客
12-30 1930
关联分析模型的基本概念，应用场景，实现方法和示例等
GWAS分析新软件 | GMATs：解析复杂性状和复杂遗传机制的高效工具
wangprince2017
11-24 1400
终于向作者要来了PPT，在动物大会上听了这个做GWAS的软件，一直想学习，今天作者回复了PPT内容，先分享一下。个人认为这款软件的特色： 1，可以进行多个随机因子的GWAS分析，比如重复力模型，窝别效应模型，母体效应模型，更符合育种的数据结构。 2，多性状GWAS分析模块（提升一因多效的检测功效，基因环境互作的GWAS分析） 3，纵向数据GWAS分析模块（比如测定日，随机回归模型，都可以进行GWAS分析了） 4，国内青年学者开发，中文说明文档，简单易用 飞哥在此立个Flag，好好学学这款软件，
关联分析 Association Analysis
JasonH2021的博客
06-04 4857
本文主要简单介绍了关联分析的基本概念，优缺点，应用场景，建模时的注意事项，实现方法，python示例和模型的参数等。
gwas-vcf-performance:GWAS摘要统计信息的VCF和纯文本存储格式之间的比较
05-28
VCF与纯文本GWAS存储格式 以纯文本/表格文本和VCF查询GWAS摘要统计...对数据进行二次采样，准备多样本GWAS-VCF，并记录预期的输出结果，以便与命令行工具进行比较 RSID查询性能 rsID上的性能查询 单样本-2.5M 单
GWAS分析软件GAPIT使用说明
08-28
GAPIT是一款由康奈尔大学开发的基因组关联分析和预测工具，专为基因型-表型关联研究、群体结构分析以及连锁不平衡分析而设计。这款软件采用了一系列先进的统计方法，包括线性模型、广义线性模型和随机森林等，适用于...
R语言-GWAS全基因组关联分析结果整理算法-方法笔记
01-16
R语言-GWAS全基因组关联分析结果整理算法-方法笔记
rtm-gwas-开源
04-27
7. **跨平台兼容**：从文件名“rtm-gwas-2020.1-win64”来看，此版本应该是针对Windows 64位操作系统的，但开源软件通常会提供Linux和Mac OS版本，以满足不同用户的需求。 8. **社区支持与更新**：开源项目往往有一...
TASSEL GWAS分析用的
03-31
TASSEL GWAS分析用的
TASSEL 关联分析软件最新版本
05-16
做功能基因定位的生物狗基本都知道，经过10来年的发展，关联分析与连锁分析一样，已经成为一项基本工具，广泛应用于动植物功能基因挖掘中。在动植物（尤其是植物）的关联分析中，TASSEL软件是最早出现的开源软件，相对于其他软件，TASSEL也是使用的最广泛的
CPAG:GWAS 的交叉表型分析-开源
05-29
CPAG，全称为GWAS（Genome-Wide Association Studies）的交叉表型分析工具，是一种用于探索和理解基因组与多种复杂疾病或性状之间关联的开源软件。它旨在通过综合分析不同表型数据，揭示潜在的遗传共享模式，帮助...
使用EMMAX做GWAS分析
samhuairen的专栏
07-28 1271
本博客记录本人在使用改软件的一些步骤。群体结构控制的文件可以采用STRUCTURE或者ADMIXTURE，PCA软件的输出值，值得注意的是，在用STRUCTURE和ADMIXTURE软件输出的文件中，协变量的要减少最后一个变量，比如STRUCTURE分析后，得到群体的亚群个数是3，那么每个样品对会对应3个相应的系数，以此来表示这个个体属于这三个假定的祖先亚群的概率；EMMAX输出的文件有三个，分别是一个日志文件，一个关联结果的p值文件(.ps 后缀)和一个包含似然值文件，里边包含样品的遗传力。
【机器学习算法模型】关联分析——FP-Growth(暂缺)
Daniel717的博客
06-24 1103
【机器学习算法模型】关联分析——FP-Growth
GWAS全基因组关联分析工具GAPIT最新版的安装教程与报错解决方案
青笋的博客
03-08 3063
GWAS工具GAPIT最新版 本篇笔记主要内容是GWAS分析软件GAPIT最新版的安装和使用教程，包括常见的报错以及解决方案，主要出错位置在LDheatmap、stringi、nloptr、lme4等，测试安装的环境是东方天意的ECS云服务器（Linux centos7），R版本为4.2.2，虚拟环境使用conda。 什么是GWAS分析？ GWAS，即基因组关联分析（Genome-wide Association Study），是一种广泛应用于生物医学研究中的遗传学方法。其主要目的是在全基因组水平上，寻
全基因组关联分析GWAS结果批量整理方法
青笋的博客
08-24 1196
大致思路是先读取当前目录下的文件列表，然后依次循环执行计算过程，识别表型、模型、P值等参数，然后传递给筛选函数，并对符合条件的值进行标注，最后会将结果写出为一个csv文件，用于下一步的计算。主要是对位点数据进行迭代和处理，根据位点位置以及预设的窗口大小，识别和处理相邻的位点之间的关系，最终将处理后的信息存储在不同变量中。主要的思路是对每一个位点，计算其前后相邻位点的距离，针对开头和结尾进行特殊考虑，中间的位点识别其是否相邻距离小于阈值。检查atom中的部分数量是否为5，如果是，进入下一步。
gwas snp 和_全基因组关联分析(GWAS)神器——PLINK
05-24
GWAS (全基因组关联分析)是一种用于研究基因与疾病之间关系的方法，它通过比较大量的基因型数据和疾病状态数据，来寻找与疾病相关的基因变异。而 SNP (单核苷酸多态性) 是一种常见的基因变异形式，因此 GWAS 研究常常涉及 SNP 分析。 PLINK 是一个常用的 GWAS 分析工具，它可以进行多种统计分析，如 GWAS、联合分析、遗传连锁不平衡 (LD) 分析等。PLINK 支持多种数据格式，包括 PED/MAP、TPED/TFAM、BED/BIM/FAM 等。在 GWAS 过程中，PLINK 可以进行质控、单个 SNP 的关联分析、基因型-表型关联分析等。 总之，PLINK 是一个非常强大的工具，可以帮助研究人员进行高效、准确的 GWAS 分析。
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