自己找了一些文章和视频,先总结了一部分,后面再做补充和实操
一. 相关概念理解
(1)GWAS:
全称“全基因组关联分析”,使用统计模型找到与性状关联的位点,用于分子标记选择(MAS)或者基因定位
(2)GWAS分析的两类性状:
- 分类性状(阈值性状,质量性状):比如抗病性,颜色等等
质量性状指相对性状的变异呈不连续性,呈现质的中断性变化的性状。由1对或少数几对主基因控制。如鸡羽的芦花斑纹和非芦花斑纹、角的有无、毛色、血型等都属于质量性状。
- 连续性状(数量性状):比如株高,体重,产量等等(一般是呈现正态分布)
数量性状指相对性状的变异呈连续性,个体之间的差异不明显,很难明确分组。受微效多基因控制,控制数量性状的基因称为数量性状位点(quantitative trait loci, QTLs)。在 QTLs 中, 基因的效应也有大有小。其中, 效应较大的称为主效QTL, 效应较小的称为微效QTL(或微效多基因)。动植物的许多重要经济性状都是数量性状,如作物的产量、成熟期,奶牛的泌乳量,棉花的纤维长度、细度等等。
(3)GWAS的分析方法:
- 分类性状:logistic回归模型等等