GWAS 总体流程理解版

自己找了一些文章和视频，先总结了一部分，后面再做补充和实操

一. 相关概念理解

（1）GWAS：

全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择（MAS）或者基因定位

（2）GWAS分析的两类性状：

• 分类性状（阈值性状，质量性状）：比如抗病性，颜色等等

质量性状指相对性状的变异呈不连续性，呈现质的中断性变化的性状。由1对或少数几对主基因控制。如鸡羽的芦花斑纹和非芦花斑纹、角的有无、毛色、血型等都属于质量性状。

• 连续性状（数量性状）：比如株高，体重，产量等等（一般是呈现正态分布）

数量性状指相对性状的变异呈连续性，个体之间的差异不明显，很难明确分组。受微效多基因控制，控制数量性状的基因称为数量性状位点(quantitative trait loci, QTLs)。在 QTLs 中, 基因的效应也有大有小。其中, 效应较大的称为主效QTL, 效应较小的称为微效QTL(或微效多基因)。动植物的许多重要经济性状都是数量性状，如作物的产量、成熟期，奶牛的泌乳量，棉花的纤维长度、细度等等。

（3）GWAS的分析方法：

• 分类性状：logistic回归模型等等