生物信息百Jia软件（六）：prodigal

最新推荐文章于 2024-08-20 10:05:31 发布

基因学苑

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分类专栏：生物信息软件

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本文介绍了生物信息学软件Prodigal，主要用于原核生物基因预测，包括软件的功能、官网、下载安装步骤以及简单易用的命令行用法。Prodigal对比Glimmer更便捷，能直接输出基因的核酸和氨基酸序列，特别适合初学者。文中还给出了使用案例和注意事项，如在处理支原体时需调整密码子设置。

摘要由CSDN通过智能技术生成

编者按

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前面写了专题《手把手教你生物信息分析平台搭建》，然后又介绍了很多《生物神奇网站》资源，也介绍了《生物信息之独孤九剑》Linux操作。那么万事俱备，就开始学习生物信息吧。所以，我们开始新的篇章——《生物信息百jia软件》。百Jia是什么意思呢？可以是百佳，也可以是百家，还可以是百加。从100家中选择100款优秀软件，掌握这些软件，就可以扩展出更多内容，这就是百Jia。

一、功能分类：
原核生物基因预测

二、软件官网：
compbio.ornl.gov/prodigal/

三、软件介绍:
prodigal的全称是Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm，原核的动态编程基因查找算法，prodigal主要应用于细菌和古生菌的基因预测，不能用于真核生物，如果要对meta样品做基因预测，prodigal还专门提供了meta的版本。除此之外，prodigal还支持在线提交序列的方式来预测基因预测。也非常的易于使用。而且相对与glimmer基因预测工具，prodigal更加好用，只需一步即可，而且，软件可以直接输出基因的核酸序列并翻译出的相应的氨基酸序列，这对很多初学者来说是非常方便的。

四、下载安装：
wget https://codeload.g