- 学习目标
- 定义位置特异性打分矩阵(PSSM);
- 解释位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLAST怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度;
- 描述谱隐马尔可夫模型(HMMs)并解释其与BLAST相比在数据库搜索中的优势;
- 解释空位种子的策略怎样提升DNA搜索的灵敏度;
- 描述数以百万计的二代测序是怎样比对到参考基因组上的。
- 引言
- 第四章介绍了BLAST,BLAST搜索可以有很多种用途,本章将介绍几种高级的数据库搜索技术。
- NCBI五种BLAST不足以解决的三个问题:
- 很难发现进化关系远缘但是同源的蛋白
- 将长序列(>20k)与数据库进行比对
- 二代测序生成大量的短读段都需要比对到一个参考基因组,BLAST完成效率很低。
- 本章将简要介绍针对不同类型研究问题的特殊BLAST的资源,然后介绍PSI-BLAST和DELTA-BLAST和隐马尔可夫模型,这些工具可用于发现远缘蛋白。
- 特殊BLAST网站