2021.03.25【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 上）

• 学习目标
  • 定义位置特异性打分矩阵（PSSM）；
  • 解释位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLAST怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度；
  • 描述谱隐马尔可夫模型（HMMs）并解释其与BLAST相比在数据库搜索中的优势；
  • 解释空位种子的策略怎样提升DNA搜索的灵敏度；
  • 描述数以百万计的二代测序是怎样比对到参考基因组上的。
• 引言
  • 第四章介绍了BLAST，BLAST搜索可以有很多种用途，本章将介绍几种高级的数据库搜索技术。
  • NCBI五种BLAST不足以解决的三个问题：
    • 很难发现进化关系远缘但是同源的蛋白
    • 将长序列（>20k）与数据库进行比对
    • 二代测序生成大量的短读段都需要比对到一个参考基因组，BLAST完成效率很低。
  • 本章将简要介绍针对不同类型研究问题的特殊BLAST的资源，然后介绍PSI-BLAST和DELTA-BLAST和隐马尔可夫模型，这些工具可用于发现远缘蛋白。
• 特殊BLAST网站