2021.04.14丨sRNAnalyzer分析-R语言填充空白值与去重复列

• 摘要
  • 继续使用sRNAnalyzer完成miRNA分析任务，今天要解决的是填充空白值和去除重复列的问题。由于生成的样品定量结果是在多个miRNA数据库中进行比对，因此生成的miRNA会重复出现，需要去重。同时，对于某些样品的reads没有比对到miRNA，并不是显示为0，而是直接为空白。之前一直是用excel手动处理。今天决定使用R一次性解决这个问题。简单在网上查了一下，几行代码就完成了这项工作。
• 环境配置
  • R version 3.6.0
  • 依赖包 tidyverse
• 使用代码

  • library(tidyverse)
    
    count <- read.table("smallrna.feature",header = T, sep = "\t",na.strings = "",check.names = F) #读取定量结果，sep能够进行分列，而na.strings可以将空白值用NA表示
    count[is.na(count)] <- 0 #识别NA值，对所有的NA赋值0
    count_dupli <- count[!duplicated(count$matchID),] #duplicated用于识别重复值，括号内为指定列，加上！为去重，方括号则是根据去重值删除整行