2021.04.27【R语言】丨箱线图无法显示解决办法

• 摘要
  • 箱线图主要用于反映原始数据分布的特征，还可以进行多组数据分布特征的比 较。箱线图的绘制方法是：先找出一组数据的上边缘、下边缘、中位数和两个四分位数；然后， 连接两个四分位数画出箱体；再将上边缘和下边缘与箱体相连接，中位数在箱体中间。然而，我们在绘制过程中，会出现不显示的情况（如下图），本篇文章则是解决箱线图无法显示的问题。
  • 图一
• 环境与方法
  • R version 3.6.1 (2019-07-05)
• 产生原因
  • 箱线图绘制原始代码

    library(ballgown)
    library(RSkittleBrewer)
    library(genefilter)
    library(dplyr)
    library(devtools)
    FPKM_table = commandArgs(TRUE)
    fpkm = read.table(FPKM_table,header=T,sep="\t",check.names=F)
    fpkm=fpkm[,2:(dim(fpkm)[2])]
    fpkm=pmax(fpkm,0) 
    
    fpkm<-fpkm[which(rowSums(fpkm) > 0),] #方法二
    
    fpkm = log10(fpkm) #方法一
    #fpkm = log2(fpkm)
    
    pdf("box.pdf")
    boxplot(fpkm,las=2,ylab='log10(FPKM)', col=rainbow((dim(fpkm)[2]-1)),cex.axis=0.5)
    
    dev.off()

    代码
    •  
  • 由图一可以发现，每组数据的中位数都小于零，这说明log10的对数值x范围，0<x<1。这是不能显示图片最核心的原因。
• 解决办法及结果展示
  • 解决办法是使log10里面的值大于1，那么基于初始代码，对于数据有下面两种方法
  • 方法一：
    • fpkm = log10(fpkm+1)
    • 这种方法是在求和基础上+1，使得每一行的和大于1。
    • 结果展示
      • 
    • 这种处理方式的问题就是异常值较多，箱线图虽然有填充颜色，但箱型图发生了形变，看起来没有显示出小于零那一部分的结果。
  • 方法二：
    • fpkm<-fpkm[which(rowSums(fpkm) > 1),]
    • 这种方法是直接将过滤值从0上升到1，将求和0<x<1的值也排除掉
    • 结果展示
      • 
    • 这个感觉就正常多了。
• 总结
  • 方法一对所有的求和值进行+1处理会使得整体偏高，但是在对数处理情况下，0<x<1这部分的值影响明显大于1<x的值，因此箱线图发生了形变，看起来中位数并不在箱型图中间。
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