2022.04.14【读书笔记】|转录因子分析

背景介绍

定义

转录因子（transcription factors, TFs）是直接作用于基因组，与特定DNA序列结合，调控DNA转录过程的一类蛋白质。

作用方式

调节基因组的DNA开放性
募集RNA聚合酶进行转录过程
募集辅助因子调节特定的转录阶段

转录因子特点

蛋白序列、调控区域和功能在后生动物都很保守
TFs的突变或结合位点的突变是很多疾病的起因
TFs驱动细胞分化、去分化
TFs调控诸多生命进程，诸如免疫反应、发育模式

可以从转录因子的功能和结构特点作为切入点
• 功能——共表达网络
TFs具有调控功能，结合于增强子，增强DNA开放性的TFs调控靶基因上
调，结合于沉默子、绝缘子，促使DNA折叠的TFs调控靶基因表达下调。
TFs与靶基因之间存在共表达关系
• 结构——富集Motif
Motif作为TFs与DNA的结合位点，其在靶基因的富集意味着更高的TF结
合可能性，即TFs与靶基因之间的调控关系越紧密

算法原理

SCENIC是一个R工具包，是目前进行单细胞转录因子分析的主流软件，在进行数据分析的同时也能得到可视化结果图。
应用物种：当前版本的SCENIC仅支持人类、鼠和果蝇。
输入：SCENIC需要输入的是单细胞RNA-seq表达矩阵—— 每列对应细胞，每行对应一个基因；以及物种对应的评分数据库。
配套软件：
GENIE3，RcisTarget，AUCell

共表达网络（GENIE3）

基因表达量矩阵→TF识别→TF-gene表达量关系→构建TF-gene共表达网络图

Motif 富集（Ris-Target）

基于软件配置的TF-motifgene数据库，搜寻网络中的motif
基于motif搜寻结果验证共表达网络中TF-gene调控关系

活性定量（AUCell）

结果查看

热图：热图是对大量regulons的可视化功能是概览性查看所有regulons活
性差异的最直观图形
网络图：网络图是对regulons调控网络的可视化，从中可以直观看出TF调控的靶基因，以及regulon之间共有的靶基因。
tSNE映射图：可以集中体现regulons活性分布的一致性

应用思路