2022.08.24【R语言】|pheatmap外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)报错问题及解决方案

项目场景

差不多接近4个月没有写博客，不能说个人没有学习新的知识，由于疫情反复，防疫政策让整个人也比较浮躁。最近部门有新同事入职，自己也接了新的业务，忙起来反而觉得该把遇到的问题整理记下，帮助新人学习。今天就把16S里面绘制物种丰度的热图报错进行整理

问题描述

在已确认脚本没有问题、已经绘制过多个16S物种丰度项目热图的情况下发生报错。

Error in hclust(d, method = method) : 
  外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)

原因分析

查看输入的表达矩阵，虽然样品存在表达相同的情况，但至少没有NA值。

基本可以确认数据在分析过程中存在缺失，或者因为某种分析造成数据产生NA。

查询资料，发现有人提到pheatmap的归一化问题（参考博客）。他的解决方案是删除所有为零的行，但是我数据并不为零。或许归一化产生NA并不是因为0，而是因为同一行的所有样品表达一致，归一化的公式不支持而产生NA。

我的R脚本是按照物种级别（门纲目科属种）循环进行绘制，为了验证上面那个结论，我进行挨个输出。发现前面（门纲目）只要有一行样品表达一致，都会报错。而到了科级，每一行表达水平都不一样了，报错也随之消失。

解决方案

1. 去掉参数scale = "row"或者把row改成col；
2. 对于表达水平相同的行，可以删除或者进行微调（比如100，改成100.1或者99.9，满足归一化公式）

总结

这个问题其实说大不大，说小不小。经常会遇到一些“明明别人都能正常跑的脚本，到我这里就不行”的情况，希望这篇文章可以解决读者的问题。