2024.12.11【读书笔记】GitHub项目创建：生信人员快速入门（中）-CSDN博客

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- GitHub项目创建：生信人员快速入门（中）

GitHub项目创建：生信人员快速入门（中）

一、上篇回顾

引言： 在上篇文章中，我们介绍了如何创建GitHub账号、设置仓库以及掌握基本的Git命令，现在我们将深入探讨如何将这些知识应用于实际的生物信息学项目中。

GitHub项目与仓库的区别在于，项目提供了一个更高层次的组织结构，可以包含多个仓库，而仓库则用于存储项目的代码和文件。选择合适的项目类型，如看板项目或模板项目，可以帮助你更有效地管理项目进度和资源。

二、构建你的第一个生信分析项目：以RNA-seq分析为例

2.1 项目初始化与结构设计

开头句： 项目的初步搭建是确保后续分析顺利进行的基石，让我们从创建一个新的GitHub仓库并设计清晰的项目结构开始。

首先，登录GitHub并创建一个新的仓库：

# 登录GitHub
git clone https://github.com/yourusername/yourproject.git

# 进入项目目录
cd yourproject

# 初始化Git仓库
git init

# 添加一个README文件
echo "# Project Title" > README.md

# 提交到仓库
git add README.md
git commit -m "Initial commit"
git push origin main

接下来，设计项目文件夹结构：

yourproject/
|-- data/
|   |-- raw/
|   |-- processed/
|   `-- results/
|-- scripts/
|   |-- qc.R
|   |-- alignment.py
|   `-- differential_expression.sh
|-- docs/
|   |-- README.md
|   |-- methods.md
|   `-- parameters.md
|-- config/
|   `-- config.yaml
`-- figures/

README.md 文件编写规范：

# Project Title

## 数据描述
- 原始数据存放于`data/raw/`
- 处理后数据存放于`data/processed/`
- 分析结果存放于`data/results/`

## 运行步骤
1. 运行质控脚本：`Rscript scripts/qc.R`
2. 运行比对脚本：`python scripts/alignment.py`
3. 运行差异表达分析脚本：`bash scripts/differential_expression.sh`

## 依赖环境
- R version 4.0.0
- Python 3.8
- Shell

## 作者信息
- Your Name
- Contact: your.email@example.com

## 引用文献
- Reference 1
- Reference 2

2.2 编写可复现的分析脚本

有效的脚本编写是实现分析自动化和复现性的核心，我们将探讨如何选择合适的编程语言和工具来构建模块化的RNA-seq分析流程。

一个简单的RNA-seq数据质控脚本（R语言示例）：

# qc.R
# 载入必要的库
library(Seurat)

# 读取数据
data <- Read10X(data.dir = "data/raw/")

# 创建Seurat对象
seurat_object <- CreateSeuratObject(counts = data)

# 进行质控
seurat_object <- percentage.mitochondria(seurat_object, project = "mito")
seurat_object <- subset(seurat_object, subset = nFeature_RNA > 500 & nFeature_RNA < 4000)

# 保存质控后的数据
SaveSeuratObject(seurat_object, file = "data/processed/qc_seurat_object.rds")

2.3 使用GitHub Actions实现自动化流程

GitHub Actions提供了一个强大的自动化工具，可以极大地简化我们的分析流程，从数据下载到结果上传，一切都可以自动化。

创建一个GitHub Actions workflow（.github/workflows/main.yml）：

name: RNA-seq Analysis Workflow

on: [push]

jobs:
  build:
    runs-on: ubuntu-latest

    steps:
    - uses: actions/checkout@v2

    - name: Set up R
      uses: r-lib/actions/setup-r@v1

    - name: Set up Python
      uses: actions/setup-python@v2
      with:
        python-version: '3.8'

    - name: Install dependencies
      run: |
        Rscript -e "install.packages(c('Seurat', 'Readr'))"
        python -m pip install --upgrade pip
        pip install numpy pandas

    - name: Run R QC script
      run: Rscript scripts/qc.R

    - name: Run Python alignment script
      run: python scripts/alignment.py

    - name: Run Shell differential expression script
      run: bash scripts/differential_expression.sh

2.4 版本控制与协作

开头句： 版本控制是项目管理中不可或缺的一部分，它帮助我们追踪代码的变更历史，并与团队成员协作开发。

使用Git进行版本控制：

# 添加新文件
git add scripts/new_script.py

# 提交更改
git commit -m "Add new script"

# 推送到远程仓库
git push origin main

创建分支并合并：

# 创建新分支
git checkout -b new-feature

# 开发新功能
# ...

# 提交更改
git commit -m "Implement new feature"

# 切换回主分支
git checkout main

# 合并新分支
git merge new-feature

三、高级技巧与最佳实践

开头句： 掌握一些高级技巧和最佳实践可以进一步提升你的生信分析项目的质量和效率。

使用Docker容器化你的分析环境：

FROM ubuntu:20.04

# 安装R和Python
RUN apt-get update && apt-get install -y r-base python3 python3-pip

# 安装依赖
RUN R -e "install.packages(c('Seurat', 'Readr'))"
RUN pip install numpy pandas

# 设置工作目录
WORKDIR /project

# 复制项目文件
COPY . /project

附录：常用Git命令速查表

命令	描述
`git status`	检查当前文件状态
`git add <file>`	添加文件到暂存区
`git commit -m "<msg>"`	提交暂存区文件到仓库，并添加描述
`git push`	推送本地更改到远程仓库
`git pull`	从远程仓库拉取最新更改
`git checkout <branch>`	切换到指定分支
`git merge <branch>`	合并指定分支到当前分支