2020.10.08丨全长转录组之参考基因组比对

• 比对软件介绍
  • 目的：定位Iso-Seq分析得到的全长转录本在基因组中的位置，从而得到转录本结构和可变剪切等信息。
  • 推荐比对软件：GMAP，minimap2，deSALT
    参考网址：https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/wiki/Best-practice-for-aligning-Iso-Seq-toreference-genome:-minimap2,-deSALT,-GMAP,-STAR,-BLAT
    • GMAP
      • GMAP（a Genomic Mapping and Alignment Program），是一款针对mRNA和EST序列的基因组定位和比对程序。该软件2005年在Bioinformatics 杂志正式发表，一直持续更新升级，目前最新版是Version 2020-06-30。PacBio测序技术出现后，GMAP常用于Iso-Seq全长转录本的比对，在该应用中引用量最高。
      • 2005年发表文献：GMAP: a genomic mapping and