synbreed R包学习系列1

最新推荐文章于 2021-08-03 10:18:51 发布
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分类专栏： 混合线性模型 SNP
互秀朋友圈呀, 微信: yijiaobani, 备注: 姓名+ 单位
本文链接：https://blog.csdn.net/yijiaobani/article/details/81320767
版权

这是标题

只能说, csdn的写作环境太棒了, 特别是markdown中快捷键的使用, 写起来特别流畅, 我很喜欢这种感觉. 没事可干, 就用写博客的形式学习.

小鼠数据

数据描述
* 2527个个体有表型
* 两个性状:体重和日增重
* 1940个个体有基因型, 12545个SNP位点

处理思路

  • 1, 将测序的个体表型值提取出来
  • 2, 清洗SNP数据
  • 3, 计算GBLUP值
  • 4, 交叉验证
Synbreed与rrBLUP
swuteresa的专栏
05-01 3463
Synbreed中的RRBLUP模型（用函数gpMod实现）与rrBLUP包中的kin.blup：若使用同一个数据集，同一个relationship矩阵，则得出的结果相近。 区别： 1.gpMod中使用的kin矩阵为kin.blup中kin矩阵的一半。 2.kin.blup结果中的Vg为gpMod结果中fit的分量sigma的第一个值kinTS的1000倍。 Vg：遗传方差 Ve：剩余方
R Packages for GWAS and GS
swuteresa的专栏
01-25 3481
rrBLUP(rrBLUPMethod6: re-parametrization of RR-BLUP to allow a fixed residual variance) BLR(功能加强BGLR，目前不支持R 3.0版本) synbreed(synbreedData) randomForest lme4：基本线性模型 genetics QTLRel GenABEL snpSt
R4.1.0版本安装synbreed包
Kacilaki的博客
08-03 1419
R4.1.0版本安装synbreed包 R更新到4.1.0后安装synbreed包报错了 package '***' is not available for this version of R 到官网去看了下，有最新的更新包，好耶！ヾ(✿ﾟ▽ﾟ)ノ（http://synbreed.r-forge.r-project.org/） 输入命令 install.packages("synbreed",repos="http://r-forge.r-project.org") 安装报错了，安装几个依赖包
如何将原始SNP信息转化为0,1,2的矩阵形式
邓飞----育种数据分析之放飞自我
03-08 1万+
导入示例数据library(SNPassoc) data(SNPs) SNPs[1:8,1:8] idcascosexblood.preproteinsnp10001snp10002snp10003 1 1 Female 13.7 75640.52TT CC GG 2 1 Female 12.7
如何利用SNP信息计算亲缘关系G矩阵
邓飞----育种数据分析之放飞自我
03-08 9996
## 生成SNP文件信息# create marker data for 9 SNPs and 10 homozygous individuals snp9 <- matrix(c( "AA", "AA", "AA", "BB", "AA", "AA", "AA", "AA", NA, "AA", "AA", "BB", "BB", "AA",
GWAS with plink
samhuairen的专栏
03-22 5738
plink 是做全基因组关联分析非常强大的软件,说明书非常的详细，及时对GWAS不是很了解的人，相信读完该说明书也能学到不少。下边是今天在植物群体中采用极端个体（分为两组）进行关联分析的一般方法。群体还有94个材料，50个是抗病的，44个是感病的，表型记录为1,0。 对该表型主要采用3中方法： （1）卡方检验 （2）卡方检验并有基因组控制 （3）logistic 回归 命令如下： plin
基因组选择软件市场调研
邓飞----育种数据分析之放飞自我
04-15 3083
前言 目前, 基因组选择进入了一个高速发展的阶段, 各种新的算法和模型被提出, 这里对基因组选择的软件进行一个汇总 大纲 1, 调查背景及目的 2, 调查方法介绍 3, 主要软件汇总 4, 基因组软件介绍:单机版 5, 基因组软件介绍: R语言版 6, 结论及建议 1. 调查背景及目的 全基因组选择需要选择合适的分析软件，本次调查为了解相关软件应用的整体情况，为选择合适的软件提供决策。 本次软...
Breeding Value与Genotypic Value
swuteresa的专栏
05-12 1407
支持和实现GWAS和GS的R Package中，只有Synbreed适合做植物育种，其他的Package都是针对动物，动物（特别是人类）数据的分析，有个重要的预处理：分析群体的HW平衡性。植物群体因为存在人为选择的问题，不可能满足HW平衡。 在GWAS和GS之前，育种领域已有大量成熟的研究与应用，是基于表型分析的。 育种值BV（Breeding Value），特指加性基因效应的部分。 如果能
SNPassoc全基因组关联分析
saghir的专栏
10-08 6071
WGassociation(SNPassoc) WGassociation()所属R语言包：SNPassoc                                         Whole genome association analysis                                          全基因组关联分析 描述----------D
SNP连锁不平衡图（LD）可视化R包LDheatmap的使用
高锦的博客
09-20 1万+
理解SNPs之间的联系或连锁不平衡（LD）模式对于单体型的选择具有重要作用，然而，对于密集的SNP图谱，随着区域内SNPs数量的增加，很难直接从复杂的VCF文件来看出SNPs间的连锁不平衡关系。LDheatmap就是这样一个能够可视化SNPs之间连锁不平衡关系的R包。 先举个小例子： 随机创建100个样本5个SNPs的基因型矩阵，并实现LD热图： rm(list=ls()) set.see...
怎么对一组SNP 数据进行统计（频率、哈温平衡检验）
邓飞----育种数据分析之放飞自我
02-28 1万+
怎么对一组SNP 数据进行统计（频率、哈温平衡检验）library(SNPassoc)Loading required package: haplo.stats Loading required package: survival Loading required package: mvtnorm Loading required package: parallel data(SNPs)查看SNPs
R语言的常用的包
ToyPython的博客
06-18 2万+
在学习R的时候，R的包众多，很多时候对于初学者会造成很大的困扰就是不知道用什么样的包比较合适。我会在不断使用R的过程中，进行使用同时结合使用体验为大家推荐合适的R包。避免重复学习，以节约时间。 标了【精】的是需要重点研究和掌握的包。 1、数据导入 以下R包主要用于数据导入和保存数据 feather：一种快速，轻量级的文件格式。 在R和python上都可使用 【精】readr：实现表格数据的快速导入...
TCP Syn的流量清洗方式
gaonjzzz的博客
04-29 2311
讲完DDoS  detection之后，理所当然要开始讨论流量清洗。讲流量清洗之前要先讲讲Syn flood攻击。用Syn flooding的方式来进行攻击是十分阴险的，通过重复发送TCP建立连接的请求占用TCP资源，占用虚拟内存来进行攻击。如何抵御Syn 攻击？通过三次握手协议的ACK包进行判定，假如对方未回复ACK包，就判定为攻击方。通过syn cookie来判定身份的方式：如果是攻击方：sy...
rrBLUP
swuteresa的专栏
02-01 6407
可用于genomic selection基因组选择和association mapping关联映射 rrBLUP包中的核心函数： 1.mixed.solve 把标记效应建模为随机效应 或 把行数据的基因型（genotypic）值用于A.mat函数（计算加性关系矩阵，预测育种值） 2.kinship.BLUP：包含上位效应在基因型值预测中 3.GWA：关联映射   处理缺失的数据：
多年多点数据如何计算遗传力以及BLUP值
邓飞----育种数据分析之放飞自我
05-14 2万+
1. 背景 之前写过一篇博客, 介绍领导安利我哔哩哔哩的故事, 介绍到我将我从YouTube上收集的关于混合线性模型, 关于GWAS, 关于GS, 关于农业数据分析相关的视频, 上传到了哔哩哔哩上面. 今天我们看一下介绍多年多点遗传力及BLUP值计算的视频内容. 阅读原文可以查看视频, 这里我用文字和代码进行重演. 2. 本次微信文的目标 获得一个多年多点的数据 计算品种性状的遗传力 计算每个品...
R语言常用packages（常用R包）
Nicolelovesmath的博客
11-26 4万+
  新浪微博（网页版搜索）：Jenny爱学习 微信公众号：R语言数据分析与实践 更新时间：Feb 1st，2019             R语言由近几年随着数据挖掘、机器学习在国内兴起而大热，现在R已经发展成为一个社区语言，有者非常多的packages支持工程应用，几乎任何问题都可以在R的packages中找到解决方案，这是R优于SPSS和SAS（模块化分析）的一个强大功能。此外，对...
R语言中矩阵常用的操作（笔记）
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邓飞----育种数据分析之放飞自我
12-23 7万+
1.1 矩阵的生成生成一个4行4列的矩阵，这里用1~16数字。mat <- matrix(1:16,4,4)mat 1 5 913 2 6 1014 3 7 1115 4 8 12161.2 提取主对角线diag(mat) 1 6 11 16 1.3 生成对角线为1的对角矩阵m1 <- diag(4)m1 1000 010
structure 2.3.4 软件使用指南
邓飞----育种数据分析之放飞自我
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软件下载 structure
混合线性模型如何检测固定因子和随机因子的显著性以及计算R2
邓飞----育种数据分析之放飞自我
05-10 1万+
很多朋友写信问我， 像要知道固定因子的显著性和随机因子的显著性如何计算，他们使用的是lme4这个R包, 但是这个包使用anova时没有P值,还要手动计算, 随机因子也需要自己计算loglikehood值, 然后使用LRT的卡方检验进行显著性检验, 其实lme4包有扩展的包可以非常友好的做这件事情. 1. 载入数据和软件包 ###载入软件包和数据 library(lme4) library(lmer...
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