如何利用R语言做双标图Biplot---GGE模型

最新推荐文章于 2025-03-10 01:00:00 发布

育种数据分析之放飞自我

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分类专栏：试验设计

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本文详细介绍如何使用R语言的GGEBiplotGUI软件包进行GGE双标图的绘制，包括数据导入、处理及分析流程，适用于品种鉴定等场景。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

双标图在品种鉴定中比较常用, 下面介绍如何使用R语言进行GGE双标图的绘制.

介绍GGEBiplotGUI软件包的使用

示例数据

处理步骤

如何没有按照GGEBiplotGUI, 那么通过install.packages命令进行安装
整理数据, 列为地点, 行为品种
导入数据, 行名为品种名, 列名为地点(行头), 第一列为第一个地点的产量
使用GGEBiplot调入GGE窗口, 通过鼠标选择分析.

示例流程

# install.packages("GGEBiplotGUI")
library(GGEBiplotGUI)
data(Ontario)
head(Ontario)
GGEBiplot(Ontario)

数据类型

在这里插入图片描述

操作

1, 交互界面: 运行完GGEBiplot(Ontario)之后, 会出现下面界面, 这是Java写的窗口, 可以通过鼠标进行操作. 点击OK.

在这里插入图片描述

2, 默认出现的是双标图, 蓝色的线为地点, 绿色的点为品种.
这个图可以描述环境之间的关系(通过环境线的夹角来判断)

在这里插入图片描述

3, 通过Biplot Tools可以选择不同的类型, 比如选择Which Won Where
在这里插入图片描述

结果:
在这里插入图片描述

4, 丰产性和稳定性

在这里插入图片描述

5, 它也可以画3D的双标图
在这里插入图片描述

使用R语言导入数据, 进行分析

从头导入数据:

1, 加入dat是三列的格式: 品种,地点, 产量
data下载: yan.csv, 下载数据后, 将其放在D盘根目录下

点击data下载
2, R语言读入数据

代码:

dat = read.table("d:/yan.csv",header = T, sep=",")
head(dat)

结果:

> head(dat)
  gen  env yield
1 Ann BH93 4.460
2 Ari BH93 4.417
3 Aug BH93 4.669
4 Cas BH93 4.732
5 Del BH93 4.390
6 Dia BH93 5.178

对数据进行转化:

if (!requireNamespace("reshape2")) install.packages("reshape2")

x = reshape2::dcast(dat,gen~env)
rownames(x) = x$gen
re = x[,-1]
re

结果:

> re
     BH93  EA93  HW93  ID93  KE93  NN93  OA93  RN93  WP93
Ann 4.460 4.150 2.849 3.084 5.940 4.450 4.351 4.039 2.672
Ari 4.417 4.771 2.912 3.506 5.699 5.152 4.956 4.386 2.938
Aug 4.669 4.578 3.098 3.460 6.070 5.025 4.730 3.900 2.621
Cas 4.732 4.745 3.375 3.904 6.224 5.340 4.226 4.893 3.451
Del 4.390 4.603 3.511 3.848 5.773 5.421 5.147 4.098 2.832
Dia 5.178 4.475 2.990 3.774 6.583 5.045 3.985 4.271 2.776
Ena 3.375 4.175 2.741 3.157 5.342 4.267 4.162 4.063 2.032
Fun 4.852 4.664 4.425 3.952 5.536 5.832 4.168 5.060 3.574
Ham 5.038 4.741 3.508 3.437 5.960 4.859 4.977 4.514 2.859
Har 5.195 4.662 3.596 3.759 5.937 5.345 3.895 4.450 3.300
Kar 4.293 4.530 2.760 3.422 6.142 5.250 4.856 4.137 3.149
Kat 3.151 3.040 2.388 2.350 4.229 4.257 3.384 4.071 2.103
Luc 4.104 3.878 2.302 3.718 4.555 5.149 2.596 4.956 2.886
m12 3.340 3.854 2.419 2.783 4.629 5.090 3.281 3.918 2.561
Reb 4.375 4.701 3.655 3.592 6.189 5.141 3.933 4.208 2.925
Ron 4.940 4.698 2.950 3.898 6.063 5.326 4.302 4.299 3.031
Rub 3.786 4.969 3.379 3.353 4.774 5.304 4.322 4.858 3.382
Zav 4.238 4.654 3.607 3.914 6.641 4.830 5.014 4.363 3.111

3, 然后使用GGEBiplotGUI软件包实现

GGEBiplot(re)

结果进入窗口软件gGEBiplotGUI:

在这里插入图片描述

全部代码:

dat = read.table("d:/yan.csv",header = T, sep=",")
head(dat)
if (!requireNamespace("reshape2")) install.packages("reshape2")
x = reshape2::dcast(dat,gen~env)
rownames(x) = x$gen
re = x[,-1]
re
GGEBiplot(re)

如果您对于数据分析，对于软件操作，对于数据整理，对于结果理解，有任何问题，欢迎联系我。

在这里插入图片描述