Gromacs——教程学习(5)

最新推荐文章于 2024-09-20 13:39:31 发布
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分类专栏： Gromacs 文章标签： 学习 Gromacs
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Gromacs中的g_mmpbsa计算带电底物与蛋白的结合能不准确
xiaolan39的博客
02-15 774
Gromacs中的g_mmpbsa计算带电底物与蛋白的结合能不准确
Gromacs——教程学习(1)
yin1331102028yin的博客
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Gromacs——教程学习(6)
yin1331102028yin的博客
04-28 1389
怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
Gromacs——教程学习之RMSD和RMSF(3)
yin1331102028yin的博客
04-28 1194
Gromacs教程学习之RMSD和RMSF
Gromacs——教程学习(4)
yin1331102028yin的博客
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Gromacs教程学习(4)
Gromacs基础教程一：入门建议
m0_67843839的博客
10-26 4639
本系列教程针对的群体：非计算化学专业，而是偏生物方向的、有少量分子动力学模拟需求的人群。
Gromacs 第二步——NVT平衡
weixin_52591952的博客
03-16 5662
gromacs的NVT平衡
gromacs-分子动力学
y2715163545的博客
04-26 1373
分子动力学可以解决和研究DNA的折叠和性质、蛋白与配体的识别机制、跨膜蛋白的工作机理、蛋白酶与底物的反应、蛋白与蛋白的耦合、比较野生型与突变蛋白的不同特性、蛋白折叠的机制问题（控制温度，使蛋白自行折叠和去折叠）等。2、力场介绍：AMBER、CHARMM、MMX、CVFF、OPLS；4、模拟基本流程：能量最小化、NVE弛豫、NVT控温、NPT控压、MD平衡模拟。5、计算化学基本概念：范德华表面、分子表面、接触表面、溶剂可及表面、势能面。4、 分析溶剂分子扩散速率、分子间的氢键的数目、距离或角度。
Gromacs-4.5入门教程(实例).pdf
03-28
### Gromacs-4.5 入门教程知识点解析 #### 一、Gromacs简介与功能 **Gromacs**是一款高性能的研究工具，...通过对以上知识点的学习，可以深入理解Gromacs-4.5的基本操作方法及其在生物大分子模拟领域的重要应用价值。
WESTPA：具有并行化和分析功能的加权集成仿真工.zip
04-08
对于新手，可以通过官方文档、教程和在线论坛来学习如何使用WESTPA，这些资源通常包括详细的安装指南、示例模拟以及常见问题解答。 10. **挑战与注意事项**： 虽然WESTPA提供了高效的模拟方法，但正确设置权重和...
自由能计算专题3：gromacs计算自由能的7种方法案例
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mt811的博客
04-22 1万+
前言 本教程以甲烷在水中的溶剂化自由能和配体与受体蛋白质结合自由能为入门和进阶例子对使用分子动力学模拟方法来计算自由能的常见方法给出了示例，教程不会过多讲解各种计算自由能方法原理和分析原理，关于自由能计算原理和方法可以参考自由能专题1：原理及常见方法分析原理可以常考自由能专题2：计算与分析指南。该教程全部都经过本人的亲自的模拟和分析，确保无误，从实际操作出发，一步一步手动实现自由能的计算与分析，有助于理解自由能计算原理和结果分析。本教程主要采用GROMACS (5.1.4)分子动力学软件包来进行操作。以下案
基于RedHatEnterpriseLinux V7（RHEL7）下SPEC CPU 2006环境搭建以及测试流程（之一）——介绍、安装准备、安装、config文件以及运行脚本介绍
skymfc的专栏
04-06 4140
《版权声明：本文为博主原创文章，未经博主允许不得转载》本次利用SPECCPU2006测试工具来进行Intel CPU Xeon E7-**** v4的测试以及调优，计划在机器I840-G**测试。本次测试主要从硬件调优和操作系统调优两个方面进行。经过最终的测试，SPECint_rate_base和SPECfp_rate_base结果均超过Intel的预期。其中调优过程尤为重要，为后续继续的测试达下...
探索《越南语翻译通》App：高效语言学习的利器
最新发布
工作姬
09-20 324
无论您是语言学习新手还是希望提高语言技能的专业人士，这款App都能为您提供帮助。它的学习材料覆盖了语言学习的各个方面，帮助用户全面掌握新语言。随着科技的发展，我们有了更多便捷的工具来帮助我们学习新的语言。今天，我们来探索一款名为《越南语翻译通》的App，它正逐渐成为语言学习者的新宠。《越南语翻译通》App采用了先进的AI技术，能够根据用户的学习进度和习惯，提供个性化的学习建议。它不仅提供了丰富的语言学习资源，还具备实时翻译功能，帮助用户在实际对话中快速理解和使用新语言。
source insight学习笔记
aa98865646的博客
09-18 419
比如常见好用的基础配置，常用的基础操作等。有时一些中文注释是 GB2312 的，使用默认的 UTF-8 编码打开就会编程乱码，可以依次点击菜单栏。比如下面我需要在当前文件中寻找extension这个符号的所有内容。这个一般是在当前文件中搜索，如果需要在整个项目搜索需要别的方式。代码出错用来定位的，也是很常用。看代码的时候经常需要查找某个字符，所以这个是必须要会的。选好颜色为RGB分别为200，240，200就可以了。PS：可以通过f3和f4上下切换搜寻到的结果。经常需要将查找到的字符进行替换。
哪些人适合学习人工智能?
weixin_44059661的博客
09-18 300
前端工程师、Java 工程师、大数据工程师等开发类工程师，学习人工智能具有很大的优势，他们普遍具备扎实的编程基础和丰富的企业项目开发经验，相对而言，这类人比理工科学生学习人工智能更容易。就计算机类专业的学生而言，他们所具备的优势在于出色的逻辑思维和强大的编程能力，这是掌握AI技术的关键。人工智能是一个多学科交叉、应用广泛的领域，它为不同背景的人提供了学习和发展的机会，无论是理工科学生、技术开发人员，还是来自其他行业的专业人士，只要对AI充满兴趣并愿意投入时间和精力，都有机会在AI领域取得成就。
关于HarmonyOS的学习
m0_72035166的博客
09-16 1250
1.node模块化​​​​// tab()2.path模块// path内置模块，专门用来处理路径​// 获取路径最后一部内容，一般用它来获取文件名称​// 给定的路径连接在一起，可以把路径片段拼成完整路径// const result = path.join('day13', 'code', '03_path模块.js')// const result = path.join('day13', 'code', '../','03_path模块.js')​。
ODrive学习——添加485编码器支持
lunzilx的博客
09-18 924
尝试在ODrive中添加485型的编码器的支持。
gromacs中文教程.pdf
11-25
《gromacs中文教程.pdf》是一本关于GROMACS分子动力学模拟软件的中文教程。GROMACS是一款用于模拟生物大分子系统的计算软件，它可以模拟分子的相互作用力、分子的结构和动力学等。该教程的目的是帮助读者了解GROMACS的基本原理、使用方法和模拟流程。 教程首先介绍了GROMACS的背景和应用领域，包括蛋白质、核酸和脂质等生物大分子的模拟。然后，教程详细介绍了GROMACS的安装过程和配置文件的设置。接着，教程介绍了GROMACS的输入文件格式，包括力场文件、分子拓扑文件和仿真参数文件等。 在教程的后半部分，教程详细介绍了GROMACS的模拟流程和常用命令，包括系统准备、能量最小化、平衡和长时间模拟等步骤。教程还包括了一些实例，帮助读者了解如何使用GROMACS进行不同类型的模拟。 《gromacs中文教程.pdf》对于想要学习和使用GROMACS的科研工作者和学生来说是一本非常有价值的教程。通过该教程，读者可以了解到GROMACS的基本原理和使用方法，掌握GROMACS的模拟流程和常用命令，从而能够进行生物大分子系统的模拟研究。同时，这本教程的中文版也方便了中文用户的学习和使用。 总之，通过《gromacs中文教程.pdf》这本中文教程，读者可以系统地学习和掌握GROMACS的基本知识和使用方法，进一步提高在生物大分子系统模拟研究中的能力和水平。
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