前言：需要自己确定蛋白的PDB ID和配体的
mol2格式文件。详细步骤可见专栏前置文章。
分子对接
前置准备
- 文献查找是否有已知的蛋白活性位点/蛋白口袋。
- 更改工作路径：
file/change working directory
处理蛋白
file/Get PDB或file/import structure- 在层级结构那里将
Ligands和Others和Solvents/other solvents都删除（注意保留Solvents/waters） - 在右上角的操作区的
tasks搜索Protein Preparation Wizard，打开面板- 勾选
fill in missing side chains using Prime和Delete waters beyond 5埃 from het groups。 - 选择
preprocess，运行结束后工作区多了一个preprocessed的条目。 - 切换到
Refine选项页，运行Optimize，工作区出现hbond-opt的条目。 - 运行
Minimize，工作区出现minimized的条目（这一步可能比较久）。
- 勾选
预测口袋（可选）
- 在工作区只选中
minimized的蛋白条目，在右上角的操作区的tasks搜索SiteMap，打开面板- 直接点击
run即可，完成后左边工作区显示预测出来的口袋条目，选中后点击⚙的show property - 在
choose那里搜索sitemap primary，依次选择其中的sitescore、dscore、volume，并添加balanced - 筛选结果：
SiteScore>1、DScore > 1,balance > 0.3、volume > 225（或只满足SiteScore>1） - 查看蛋白口袋是否跨链，如果不跨链的话，将其余不涉及的链全都删除。
- 直接点击
处理配体
- 导入配体：
file/import structure - 更改配体名称：
- 工作区选中配体条目，层级结构选中配体全部原子。
BUILD/Other Edits/Change Atom Properties，勾选Residue name并输入UNK，确认。
- 确保工作区选中了配体条目，然后在右上角的操作区的
tasks搜索LigPrep，打开面板- 调整第一个选项为
project table，并调整computation为第二个选型后点击run。完成后生成ligprep_1文件夹。同时工作区产生相应条目。
- 调整第一个选项为
生成盒子
- 在工作栏同时选中
minimized蛋白质和想要的活性位点，然后在右上角的操作区的tasks搜索receptor grid generation，打开面板- 勾选
pick to identify并更改选项为entry，勾选show markers - 在主页面用鼠标点击一下想要的活性位点的任意原子（一般为白色小球）。
- 发现紫框定位到活性位点所在区域，而且活性位点的原子都由绿框框住，代表被选中。
- 最后点击
run即可。
- 勾选
如果不想用预测的口袋生成盒子，而是用内源性配体生成盒子，那么进行如下操作：
file/import structure
正式对接
- 在右上角的操作区的
tasks搜索Ligand docking，打开面板如下：- 默认从文件中加载
glide-grid1.zip并勾选display receptor和show grid boxes。 - 选择配体：
use ligands from files，并加载ligprep_1-out.maegz。 - 最后直接
run即可。
- 默认从文件中加载
查看结果
- 点击右上角
table查看结合能 - 选中结合能最高的条目和
minimized蛋白质条目，右键merge得到蛋白配体复合物 - 在工作目录新建一个
output文件夹，以下步骤导入到该文件夹中minimized蛋白质条目，蛋白配体复合物，导出为PDB格式，并更名为protein.pdb和complex.pdb- 结合能最高的条目右键
export structures导出为mol2格式，并更名为unk.mol2
- 保存项目备份：
file/save project as
可视化图
- 选中蛋白配体复合物条目，
tasks中找到2D Sketcher：- 点击左侧栏的
best 2D view。 - 点击
edit/preference- 打开
show legend和Always show chain ID of residues - 调整
residue radius为30和residue interaction width为2
- 打开
- 选择
File/Save ScreenShot- 不要勾选
Transparent Background，将width调整为1200. - 点击
ok导出图片。我一般习惯命名为2D.png。
- 不要勾选
- 点击左侧栏的
- 将蛋白配体复合物条目导出到
pymol中：- 通用配置：
- 打开残基序列，分离蛋白和配体，并分别命名为
pro和lig。 - 蛋白颜色设置为
cyans/palecyan。 - 配体条目选择
Hide/Valence。 - 调整标签大小
setting/label/size/18point或者24point - 调整背景颜色为白色。
- 保存工程文件
File/Save Session As一般我就命名为pymol.pse
- 打开残基序列，分离蛋白和配体，并分别命名为
- 输出整体图片：
- 在
pymol输入命令：select res, chain X and resi XXX + chain X and resi XXX - 将
res颜色配置为yellow/paleyellow，并且将样式改为stick。 - 在
pymol输入命令：hide sticks, h. - 选择右上角的
Draw/Ray：- 调整为300dpi，取消勾选
transparent，选择draw(faset) - 命名为
big.png（注意，配体放中间偏左下会好看一点）
- 调整为300dpi，取消勾选
- 在
- 输出细节图片：
- 选择
settings/transparency/cartoon，调整为60%。 - 选中
res条目，L/residues打开标签。并且A/zoom聚焦到该条目。 - 左上角调整为原子模式。
- 如果有作用在苯环中心的键，需要定义苯环平面（可选）
- 在命令行输入命令：
pseudoatom p1,sele - 选中
p1条目，将样式改为show/as/nb_spheres - 在导航栏的
settings/edit all，输入nonbonded_transparency，找到后改为0.9 - 重复1-3步，直至定义完所有苯环平面
- 在命令行输入命令：
- 在
pymol输入命令：hide sticks, h. - 选中导航栏的
wizard/measurement，根据2D图进行测量- 将Π键对应的条目改为绿色，将氢键对应的条目改为紫色
- 连完后点击
done退出测量模式。
- 在
pymol输入命令：zoom res or lig - 将模式从view改为edit并按住ctrl，从而调整标签。
- 选择右上角的
Draw/Ray，导出细节图片。
- 选择
- 再次保存工程文件，
file/save session
- 通用配置：
分子动力学模拟
激活环境
module load miniforge/24.1.2
source activate demo
module load gromacs/2022.5_nompi_cuda11.8
mkdir run/你的名字缩写/MOLXXX/PDB ID
cd run/你的名字缩写/MOLxxx/PDB ID
上传参数文件和`protein.pdb`和`unk.mol2`
拓扑准备
gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein_processed.gro -ignh
选择CHARMM36力场（输入"1"或"2"），选择水模型（输入"1"）
chmod +x mol2.py
python ./mol2.py unk.mol2
perl sort_mol2_bonds.pl unk.mol2 unk_fix.mol2
注意下载unk_fix.mol2
在Charm-GUI网址（https://charmm-gui.org/）获取拓扑文件：
- 选择左侧栏的
Solution Builder，上传分子对接的complex.pdb文件。 - 勾选所有物质，选择
next step。 - 调
pH为7.35，点击Apply，并勾选上传unk_fix.mol2，选择Next Step。 - 保持默认参数，选择
Next Step。 - 保持默认参数，选择
Next Step。 - 勾选
GROMACS后，选择Next Step。 - 下载压缩包，解压后找到
gromacs文件夹，提取以下三者并上传到超算平台：step3_input.gro（改名为：solv_ions.gro）topol.toptoppar文件夹
能量最小化和建立索引
gmx grompp -f em.mdp -c solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 2
gmx mdrun -v -deffnm em
# gmx mdrun -v -deffnm em -nt 8
gmx make_ndx -f em.gro -o index.ndx
输入“1 | 13”(Protein 和 UNK)、“14 | 15”(SOD 和 Water)
输入“q”保存并退出。
NVT、NPT、正式模拟
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr
sbatch -p gpu_4090 --gpus=1 nvt.sh
# squeue查看任务运行状态
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -r nvt.gro -p topol.top -n index.ndx -o npt.tpr
sbatch -p gpu_4090 --gpus=1 npt.sh
gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o md.tpr
sbatch -p gpu_4090 --gpus=8 md.sh
矫正轨迹
gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_nojump.xtc -center -pbc nojump -ur compact
选择Protein后回车，再选择System后回车
gmx trjconv -s md.tpr -f md_nojump.xtc -o md_noPBC.xtc -center -pbc mol -ur compact
选择Protein后回车，再选择System后回车
gmx trjconv -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -o md_fit.xtc -fit rot+trans
选择Backbone后回车，再选择System后回车
RMSF、RMSD计算
# 计算横坐标为residue的RMSF
gmx rmsf -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -n index.ndx -o fws-rmsf.xvg -ox fws-avg.pdb -res -oq fws-bfac.pdb
选Protein后回车
# 计算蛋白骨架，时间为ns的RMSD
gmx rms -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns
选择4后回车，再选择4后回车
# 计算蛋白骨架，时间为ps的RMSD
gmx rms -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -o rmsd_ps.xvg
选择4后回车，再选择4后回车
# 计算配体的RMSD
gmx rms -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -n index.ndx -o rmsd_Lig.xvg -tu ns
选择13后回车，再选择13后回车。
回旋半径、氢键计算
# 计算回旋半径gyrate
gmx gyrate -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -o gyrate.xvg
选择4后回车
# 计算氢键变化
gmx hbond -f md_noPBC.xtc -s md.tpr -num hbond_num.xvg
选择Protein后回车，选择UNK后回车
# gmx hbond -f md_noPBC.xtc -s md.tpr -num hbond_num.xvg -nt 8
自由能形貌图计算
chmod +x pc_combine.py
python ./pc_combine.py rmsd_ps.xvg gyrate.xvg output.xvg
# 输出done
gmx sham -tsham 310 -nlevels 100 -f output.xvg -ls gibbs.xpm -g gibbs.log
dito xpm_show -f gibbs.xpm -3d -ip -o gibbs_3d.pdf
dito xpm_show -f gibbs.xpm -ip -o gibbs.pdf
轨迹动图和MMPBSA计算（可选）
# 生成轨迹动图
gmx trjconv -s md.tpr -f md_fit.xtc -n index.ndx -o movie.pdb -dt 100
选索引组后回车
# 生成MMPBSA
source activate gmxMMPBSA
sbatch -N 10 -p c-16-1 -n 160 -c 1 gmx_MMPBSA.sh
结果可视化
对于轨迹动画movie.pdb，直接pymol，然后在命令行里面输入如下：
intra_fit movie
smooth
smooth
然后preset->ligand site/cartoon即可，一般需要3-5分钟。
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