从NCBI中查看已发现的基因可变剪接

最新推荐文章于 2024-09-25 11:07:25 发布
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分类专栏： 生物信息学
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本文指导如何利用Nucleotide平台输入基因名和物种，通过图形化界面浏览转录本，结合测序云查看可变剪接，并深入分析序列信息，特别提及了反向互补序列在NCBI的应用。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

1、首先在Nucleotide中输入基因名和物种名
在这里插入图片描述
2、选择打开以下的连接
在这里插入图片描述

在这里插入图片描述
3、点击 Graphics
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4、查看已发现的转录本
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还可以结合转录组测序云平台，查看测序出的可变剪接
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5、点击Tools查看序列信息
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此序列为NCBI上提交的反向互补序列

linux剪接软件差,linux 安装和使用NCBI剪接边界工具splign
weixin_33318791的博客
05-04 1291
splign是NCBI中一个比对cDNA和genome的一个工具，通过splign可以很方便的找到cDNA各个外显子。Windows下安装非常简单，下载后就可以直接用了，但linux版本下运行需要一些相关的包，下面介绍一下splign在linux下的安装和使用(windows中splign的使用和linux一样)。首先下载相应的版本，我的linux系统是ubuntu 64位的，下载Linux x6...
获取基因的所有转录本（不同亚型）的外显子区域
weixin_30651273的博客
07-24 3512
1. 基因转录本亚型 蛋白质亚型或“蛋白质变体“是一组高度相似的蛋白质成员，这些成员来源于单个基因或基因家族，是遗传差异造成的结果。虽然许多具有相同或相似的生物学作用，但一些亚型具有独特的功能。这些高度相似的蛋白质亚型可以由可变剪切（图1）、可变启动子或单基因的其他转录后修饰形成，通常不考虑翻译后修饰。通过RNA剪切机制，mRNA具有从基因中选择不同蛋白...
剪切文件_转录组测序技术和结果解读（十六）——可变剪切
weixin_28864249的博客
01-03 4627
可变剪切的概念可变剪切是指从一个mRNA前体中通过不同剪接方式，选择不同的剪接位点组合，所产生不同的mRNA剪接异构体的过程。可变剪切的分类：外显子缺失 (Exon skipping)；可变的5’端剪切 (Alternative 5’ splicing)；可变的3’端剪切 (Alternative 3’ splicing)；互斥外显子 (Mutually exclusive exons)；内含子包...
ncbi查找目的基因序列_技能篇 | NCBI的5种常见使用方法（二）
weixin_42515340的博客
01-03 2万+
上期回顾：技能篇 | NCBI数据库使用教程(一)一、查找基因序列、mRNA序列进入NCBI 主页，在 search 后面选择 Gene，输入需要查找的基因的名字，点击search，查看结果。以基因P53为例，搜索结果如图：点击红框部分，进入并下拉，可以看到大量的信息，如下图：二、用Probe查找已经公布的引物序列进入NCBI主页，在下拉菜单选择Probe之后填写需要查找的基因名称。点击searc...
Knowledge based | 如何获取某类肿瘤中所有已被报道的相关突变基因？
悟道西方
06-28 2125
当你的肿瘤高通量测序样本越多，或没有病人自身配对的癌旁与血液等非体细胞突变受累组织的配对时，那么WES或WGS所获得的体细胞突变数量将会非常多，所涉及的基因也很多，以至于突变Maf图无法阅读 (基因太多、图太大)。类似这样：R包 maftools绘制的100+肿瘤样本突变图景 你所关注的肿瘤驱动突变就在这个大图里。但怎么过滤、筛选，是肿瘤测序分析的另一个难点，甚至是...
【Paper reading】可变剪接预测&ENCODEC数据集
int_8的博客
09-18 2563
两篇基于Encode项目的论文 Paper reading 1. Epigenome-based splicing prediction using a recurrent neural network 2. An integrative ENCODE resource for cancer genomics 文章目录两篇基于Encode项目的论文 Paper reading1. Epigenome-based splicing prediction using a recurrent neural net
剑指offer-例题 栈的压入、弹出序列
qq_39622795的博客
09-28 670
题目描述 输入两个整数序列，第一个序列表示栈的压入顺序，请判断第二个序列是否可能为该栈的弹出顺序。假设压入栈的所有数字均不相等。例如序列1,2,3,4,5是某栈的压入顺序，序列4,5,3,2,1是该压栈序列对应的一个弹出序列，但4,3,5,1,2就不可能是该压栈序列的弹出序列。（注意：这两个序列的长度是相等的） import java.util.ArrayList; import java.util.Stack; public class Solution { public boolean I
ncbi查找目的基因序列_如何使用 NCBI 查找基因序列、mRNA、Promoter
weixin_32352213的博客
12-30 3939
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matlab中-psi_一文带你吃透生信中的可变剪切！
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你可以帮我找到已完成的单细胞可变剪接分析的案例吗
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whole-genome-sequencing Data Analysis 学习笔记5 全基因组测序数据的变异位点
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变异为什么是相对的？有的变异现象是由于生殖细胞内的遗传物质的改变引起的，因而能够遗传给后代，属于可遗传的变异。 可遗传的变异有三种来源：基因突变，基因重组，染色体变异。由于DNA分子中发生碱基对增添、缺失或改变，而引起的基因结构的改变，就叫做基因突变，特点是普遍，随机，频率低，多有害，不定向基因重组是指在生物体进行有性生殖的过程中，控制不同性状的基因的重新组合。基因的自由组合定律告诉我们，在生物体
可变剪接分析流程（rMATS）
weixin_42910678的博客
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尝试用miso和rmats做可变剪接分析
可变剪接分析一步到位，这个 R 包够猛！
最新发布
weixin_49214410的博客
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NCBI Genbank核苷酸序列数据库检索基因序列解读
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03-09 2万+
核酸数据库 Genbank数据库=Nucleotide数据库 （一）基因序列注释内容解析 以dut基因编码的大肠杆菌酶dutpase为例；在Nucleotide数据库search X01714或者dutpase，检索链接https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/x01714；得到以下信息。 1.Locus Locus：编号 长度 分子类别 基因拓扑类型...
基因的可变剪切
weixin_30608131的博客
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什么是基因的可变剪切？ 有些基因的前体mRNA（pre-mRNA）通过不同的剪接方式（选择不同的剪接位点）产生不同的mRNA剪接异构体，这一过程称为可变剪接（或者选择性剪切）（Alternative Splicing）。 常见的可变剪切可以分成6类： 1、外显子跳跃（Exon Skipping） 2、内含子保留（Intron Retention） 3、5'端可变剪接（Al...
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问题如下:我想在NCBI上找猪KIT(FJ938289)基因的结构图以及其内含子和外显子的序列？基因的内含子和外显子的序列在NCBI找到基因序列之后，要确定其内含子和外显子的序列是比较简单的。如果是RefSeq序列的话，那就更加容易了。简单的思路就是跟基因组序列比对就行了。% 用NCBI的Splign工具，详见：图解：如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列 。%但由于猪KIT(FJ9...
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