构建基因网络的工具

最新推荐文章于 2023-08-14 10:45:00 发布
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分类专栏： bioinformatics tools
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专栏目录
基因调控网络工具GeneNetwork1.2
11-30
通过导入数据，选择相应的算法，参数等，构建基因调控网络。简单方便可行
多元相关性分析_NAR：宏基因组网络分析工具MetagenoNets
weixin_39801165的博客
11-21 839
MetagenoNets：微生物相关网络的综合推断和整合见解MetagenoNets: comprehensive inference and meta-insights for microbial correlation networksNucleic Acids Research [IF:11.147]2020-04-27 Web ServerDOI: https://doi.or...
pearson相关系数_除了相关系数，物种网络构建还有哪些方法？（一）
weixin_39822147的博客
11-30 1746
物种研究作为微生物群落分析的核心内容，在数据分析、文章写作中都占有非常高的比重。大家最常用的物种分析方法，比如统计检验、lefse等；最常用的可视化形式，比如堆叠图、热图、盒型图等。但其实物种之间并不是独立存在的，群落中的细菌内部、真菌内部、细菌与真菌之间由于竞争、协同等直接/间接关系，物种间存在着千丝万缕的联系。所以，一篇16S/ITS/宏基因组的深度好文，怎么可以少了物种关系分析呢？...
论文研究-基于改进SEM算法的基因调控网络构建方法.pdf
07-22
动态贝叶斯网络（DBN）是基因调控网络的一种有力建模工具。贝叶斯结构期望最大算法（SEM）能较好地处理构建基因调控网络中数据缺失的情况，但SEM算法学习的结果对初始参数设置依赖性强。针对此问题，提出一种改进的SEM算法，通过随机生成一些候选初始值，在经过一次迭代后得到的参数中选择一个最好的初始值作为模型的初始参数值，然后执行基本的SEM算法。利用啤酒酵母细胞周期微阵列表达数据，构建其基因调控网络并与现有文献比较，结果显示该算法进一步提高了调控网络构建的精度。
基因共表达网络分析java,EXCEL竟能如此简单地搞定基因共表达网络分析
weixin_39922749的博客
03-12 869
原标题：EXCEL竟能如此简单地搞定基因共表达网络分析 基因与基因之间的关系千丝万缕，基因共表达网络(Gene co-expression network)是用来分析基因间作用关系的一种常用手段。诚然，通过像STRING、PINA等数据库工具可以很容易的获取编码基因间的作用关系，但是只能获取已知的作用关系，并且结论可能会由于具体实验条件的不同而产生一定的偏差。此外，在预测非编码基因的靶基因时，除了...
MPIGeneNet:构建基因共表达网络的并行工具-开源
04-29
MPIGeneNet是使用Pearson相关和随机矩阵理论（RMT）构建基因共表达网络的并行工具。 该工具将带有从多个样本中观察到的不同基因的表达值（浮点值）的矩阵作为输入。 它是RMTGenNet工具...
网络游戏-由连续的基因表达谱构建基因调控网络方法.zip
09-20
总之，由连续的基因表达谱构建基因调控网络的方法为我们理解和模拟生物系统的动态行为提供了有力工具，不仅在科研中有着广泛的应用，也为网络游戏带来了创新的设计思路。深入理解这一领域的知识，将有助于开发出更具...
谢菲尔德神经网络工具箱
10-04
"谢菲尔德神经网络工具箱"是针对MATLAB环境设计的一个专业软件包，主要用于神经网络模型的构建、训练和分析。这个工具箱是谢菲尔德大学的遗产，它结合了强大的数学计算能力和遗传算法，为用户提供了一套全面的神经...
matlab代码cox-scTenifoldNet:AR/MATLAB软件包，用于从单细胞转录组数据构建和比较基因调控网络
05-23
MATLAB程序包使用基于机器学习方法从不同条件收集的单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据来构建和比较单细胞基因调控网络（scGRN）。 scTenifoldNet使用主成分回归，张量分解和流形比对来准确识别甚至微妙转移的基因表达...
WGCNA构建基因共表达网络详细教程
weixin_30369041的博客
07-02 6261
这篇文章更多的是对于混乱的中文资源的梳理，并补充了一些没有提到的重要参数，希望大家不会踩坑。 1. 简介 1.1 背景 WGCNA（weighted gene co-expression network analysis，权重基因共表达网络分析）是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，可将表达模式相似的基因进行聚类，并分析模块与特定性状或表型之间的关联关系，因此在基因组研究中被广泛...
H3CNE题库官网最新完整版(附答案详解)
11-13
H3CNE题库官网最新完整版(附答案详解)
RNA 14. SCI 文章中差异表达基因之 蛋白互作网络 (PPI)
weixin_41368414的博客
03-15 7799
蛋白互作网络分析同样也是 SCI 文章中出现频率最高的分析方法，下面就给大家梳理一下流程！
PPI网络的构建与美化(String+Cytoscape)
Dzfly
01-07 1万+
PPI网络的构建与美化(String+Cytoscape)
华为认证 | H3C厂商证书，含金量有多高？
最新发布
weixin_51725318的博客
08-14 3132
华为认证 | H3C厂商证书，含金量有多高？
STRING:蛋白质相互作用(PPI网络)数据库简介
热门推荐
庐州月光的博客
11-06 6万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 研究蛋白之间的相互作用网络，有助于挖掘核心的调控基因，目前已经有很多的蛋白质相互作用的数据库，而string绝对是其中覆盖的物种最多，相互作用信息做大的一个，网址如下 https://string-db.org/ 该数据库的最新版本为version 10.5, 更新于2017年5月14号，存储了2031个物种，9643763种蛋白，共1380838440个...
【基因调控网络】基因调控网络及其模型
小哲的博客
11-30 9821
基因调控网络及其模型概述基因调控网络模型布尔网络模型有向图模型线性组合模型加权矩阵模型互信息关联模型常微分方程模型基因调控机制基序和模块基因调控网络数据库 概述 基因调控网络是21世纪生物学研究的一个重要课题，其研究的主要内容有：①每个网络节点的功能；②基因网络结构；③复杂性层次上的动力学机制和行为；④在细胞和组织层次从基因到信号路径等各种问题。 近年来，科学家发现传统遗传学假说是错误的，逐渐重视研究遗传网络。对于大型遗传网络的全局模型来说，要想知道一个生物体的所有细节和准确建立对应的模型几乎是不可能的，更
网站构建常用工具
菜鸟成长记
03-16 1992
构建网站html+css+php+javascript     按照笔者网站开发经验，构建网站可以采用html+css+php+javascript完成。此外，还可以采用html+css+asp+javascript进行网站构建。下面分别对上述工具进行介绍。 1.html语言 html是web语言中基本的一种工具，通过html语言开发者可以便创建一个简单的文本网页了。 代码示例1：
PPI网络实战：String加CytoScape联手挖掘PPI网络
庐州月光的博客
11-07 1万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 在之前的文章中，我们提到利用网络聚类算法可以从复杂的蛋白质网络中挖掘蛋白复合体或者相应的功能模块，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白复合体的算法。 MCODE全称molecular complex detection, 是最广泛使用的挖掘蛋白复合体的算法之一，在cytoscape 软件中提供了一个MCODE插件，可以方便的对网络进行聚类。 cytoscape...
网络分析(Network Analysis)入门篇(五) 网络的演化——有偏好的交友模型
Learning-Deep
08-13 1万+
在上一节中，我们介绍了一个完全是随机的交友过程，然而上述模型只是社交网络的一种简化。 首先我们可以看到随机的交友模型将人员限制在了一定的范围内，实际上，假如小明和小红一起进入了一个团体，他们不仅会相互认识并认识团体中的人，小明还会认识小红的闺蜜，其他朋友，同学，将来还会是家人等等。 其次，通常在一个圈子中，通常会有一个中心人物，也许他长得帅气，能力强，口碑好，情商高，因此吸引力很强，大家都想和...
基因共表达网络怎么构建
07-15
构建基因共表达网络的一种常见方法是通过分析基因表达数据来确定基因之间的相关性。以下是一个简单的构建基因共表达网络的步骤： 1. 数据获取：首先，需要获取基因表达数据集，例如微阵列数据或RNA测序数据。这些数据可以从公共数据库（如GEO、TCGA等）或实验室内部的实验结果中获得。 2. 数据预处理：对于原始的基因表达数据，通常需要进行一些预处理步骤，例如去除噪音、标准化、归一化等。这些步骤有助于确保不同样本之间的可比性，并减少技术差异对结果的影响。 3. 相关性计算：使用选定的相关性指标（如Pearson相关系数、Spearman相关系数等），计算每对基因之间的相关性。相关性度量可以反映基因之间的共变关系，即它们在不同样本中的表达模式是否相似。 4. 阈值设置：根据相关性计算结果，可以根据特定的阈值来确定哪些基因对被认为是共表达的。阈值可以根据实验目标和数据集的特点进行设置，常用的方法包括设置固定阈值、基于统计显著性或网络拓扑特性进行阈值选择等。 5. 网络构建：根据相关性计算结果和阈值设置，可以将基因共表达网络表示为一个图。在该图中，基因被表示为节点，相关性高于阈值的基因对之间的连接则表示为边。可以使用专业的网络分析工具（如Cytoscape）来可视化和分析这个基因共表达网络。 需要注意的是，构建基因共表达网络是一个复杂的过程，涉及到数据处理、参数选择和结果解释等多个方面。因此，在实际操作中，需要根据具体的研究问题和数据特点来选择合适的方法和策略。

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