学R，从GitHub上直接安装扩展包，用githubinstall模糊搜索安装-CSDN博客

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下面内容摘录自《用R探索医药数据科学》专栏文章的部分内容。栏目后续章节的文章将深入概括R语言在临床研究和新药创新领域的应用，填补了国内R教材中尚未广泛覆盖的部分内容。

2章5节：认识和安装R的扩展包，什么是模糊搜索安装，工作目录和空间的区别与设置（更新20240807 ）-CSDN博客文章浏览阅读359次。R语言以其强大的功能和灵活的扩展性，成为了无数数据分析师和研究者的首选工具。R的丰富功能和海量扩展包直接相关，但如何高效管理这些扩展包，进而充分发挥R的强大潜力？本文将为您揭示这些问题的答案。https://blog.csdn.net/2301_79425796/article/details/140585920?csdn_share_tail=%7B%22type%22%3A%22blog%22%2C%22rType%22%3A%22article%22%2C%22rId%22%3A%22140585920%22%2C%22source%22%3A%222301_79425796%22%7D

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5、从GitHub上直接安装

GitHub是一个面向开源及私有软件项目的托管平台，许多R的扩展包都托管在GitHub上，因此我们需要从GitHub下载这些包。首先，您需要从CRAN下载并安装 devtools 扩展包，然后使用 library() 函数加载它，并通过 install_github() 函数安装所需的扩展包。您可以一次安装一个或多个扩展包。例如，要从GitHub安装 RCIT 扩展包，您可以使用以下代码：

library(devtools)
install_github("Diviyan-Kalainathan/RCIT")

在这个例子中，Diviyan-Kalainathan 是发布仓库的名称，而 RCIT 是扩展包的名称。因此，在从GitHub安装R扩展包时，除了记住扩展包的名称外，还需要记住扩展包所在的仓库名称。

6、如何用`githubinstall`模糊搜索安装

如果大家只知道扩展包的名字但无法确定其具体来源，您这个时候需要githubinstall 扩展包了。githubinstall 是一个用于从 GitHub 上安装 R 扩展包的工具，它简化了从 GitHub 安装包的过程，尤其是当您不知道包的确切名称或其所在的仓库时。

接着首先安装githubinstall扩展包。

 install.packages("githubinstall")

然后，大家可以使用 githubinstall 扩展包中的 githubinstall()函数来实现模糊搜索。即使您记不清扩展包的名字，这个函数也会返回相关的搜索结果。例如，如果您只记得扩展包的名字包含“match”，githubinstall() 将返回相关的扩展包，如 rmatch、fmatch、pmatch 和 march。以下是使用 githubinstall() 函数的示例：

library("githubinstall")
githubinstall("match")

上图，在运行以上代码后，系统会显示类似以下的提示。根据提示，您可以选择要安装的扩展包。例如，如果 mailund/pmatch 是您想要的包，输入 3 选择该包，然后在提示是否安装时输入 y 以进行安装。

# 查看所有已安装的R包
installed_packages <- installed.packages()
head(installed_packages)  # 查看前几行数据

# 查看特定包的详细信息（例如ggplot2）
packageDescription("ggplot2")

# 查看所有已加载的包及其版本
sessionInfo()

# 查看R会话中所有已加载的包（不包括未加载的包）
search()

# 查看包的帮助文档（例如dplyr）
help(package = "dplyr")

# 查看包的vignette文档（例如tidyverse）
vignette(package = "tidyverse")

# 查找已安装的包的路径（例如dplyr）
find.package("dplyr")

4、同时下载多个扩展包

如果您需要同时下载多个扩展包，可以使用 c() 函数来将包名组合在一起。例如，要同时下载 ggpubr、MASS 和 Matching 扩展包，可以使用以下代码：

install.packages(c("ggpubr", "MASS", "Matching"))

如果在RStudio界面安装或使用 install.packages() 函数时遇到“Error in install.packages: 读取链接时发生了错误”的信息，这通常是由于网络问题引起的。您可以尝试在RStudio的“Tools”选项卡中选择“Global Options”，点击“Packages”选项后，再点击“Change…”选择一个国内镜像站点来解决此问题，如下图。

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