今天给同学们分享一篇生信文章“A Systematic Pan-Cancer Analysis of MEIS1 in Human Tumors as Prognostic Biomarker and Immunotherapy Target”,这篇文章发表在J Clin Med期刊上,影响因子为3.9。
结果解读:
MEIS1在癌症中的差异表达
TIMER2.0对MEIS1在不同癌症中表达的结果如图1a所示,在膀胱尿路上皮癌(BLCA)、乳腺浸润癌(BRCA)、COAD、HNSC、肾乳头状细胞癌(KIRP)、LUAD、肺鳞状细胞癌(LUSC)中,MEIS1下调(肿瘤组的基因表达低于对照组),前列腺癌(PRAD)、直肠腺癌(READ)、甲状腺癌(THCA)和子宫体子宫内膜癌(UCEC)(p<0.001)、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤(PCPG)(p<0.01)、胃腺癌(STAD)、宫颈鳞状细胞癌和宫颈腺癌(CESC)(p<0.05)。MEIS1在胆管癌(CHOL)、肝细胞癌(LIHC)和多形性胶质母细胞瘤(GBM)的肿瘤组织中的表达高于正常组织。
MEIS1在不同癌症中的预后指标
如图2a所示,GEPIA2生存分析显示,低MEIS1表达预测ACC、HNSC和KIRC患者的OS较差(p<0.01),而高MEIS1表示预测COAD患者的OS较低(p<0.05)和LGG患者的OS(p<0.001)。如图2b所示,高MEISl表达预测COAD和KIRP患者的DFS较差(p<0.01)以及LGG患者(p<0.001),而低MEIS1表达预测HNSC患者的DFS较差(p<0.05)。
MEIS1基因分析数据的变更
根据图3a,在NSCLC中,基因变化的频率最高(3.51%),突变是基因变化的主要类型。突变是ESCC、黑色素瘤、子宫内膜癌、食管胃腺癌、结直肠癌癌症、宫颈鳞状细胞癌、肾上腺皮质癌症和肝细胞癌的主要遗传变化类型。同样,扩增成为卵巢上皮肿瘤、膀胱尿路上皮癌、成熟B细胞肿瘤和前列腺癌中MEIS1基因改变的主要类型。此外,图3b包含了更多的细节,如突变类型、位点和以“错义”为主要突变类型的病例数。在2名COAD患者中可以观察到R102Afs*20突变,而在一名UCEC患者中可以检测到R102Pfs*18突变。作者没有在MEIS1基因中发现任何热点突变。
MEIS1在不同癌症中的磷酸化和启动子甲基化表达
磷酸化途径的改变与癌症密切相关。基于CPTAC数据集,纳入癌症、癌症、癌症、ccRCC、UCEC、LUAD和儿童脑癌症,以探索其肿瘤组织与正常组织之间的磷酸化水平。最终,图4a中提供了四种类型癌症的方框图。在卵巢癌症中,肿瘤组织与正常组织的MEIS1磷酸化水平(S194、S196和T202)无统计学差异,而正常组织中LUAD(p<0.001)、ccRCC(p<0.01)和UCEC(p<001)中S196的磷酸化水平高于肿瘤组织。需要更多的实验证据来鉴定S196位点的MEIS1磷酸化在肿瘤发生中的作用。此外,发现原发性肿瘤中BLCA、HNSC、KIRC、KIRP、PRAD和UCEC中MEIS1的启动子甲基化水平低于正常组织(p<0.05)(图4b)。
MEIS1在不同癌症的免疫和分子亚型中的表达
如图5a所示,MEIS1在各种免疫亚型中的表达不同,包括ACC、BLCA、BRCA、CHOL、COAD、KIRC、LGG、LUAD、LUSC、胰腺癌(PAAD)、PRAD、肉瘤(SARC)、STAD、TGCT中的C1-C6,卵巢浆液性囊腺癌(OV)、PCPG、PRAD、STAD和UCEC(均p<0.05)(图5b)。
3.6.MEIS1的表达与ICPG在不同癌症中的表达有关
随后,研究了MEIS1表达与60个ICPG表达之间的相关性(图6)。在大多数癌症中,如淋巴肿瘤弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBC)、PRAD、READ、COAD、OV、KIRC和LIHC,MEIS1的表达与大多数ICPG的表达呈正相关。这意味着MEIS1高表达的患者通过使用免疫检查点抑制剂(ICIs)将显示出更好的免疫治疗效果。然而,在TCGT和严重急性呼吸系统综合征中,MEIS1的表达与大多数ICPG的表达呈负相关。研究表明,当靶向这些ICPG时,MEIS1高表达的患者预后较差。因此,可以证明MEIS1在免疫治疗方面具有强大的潜力。
不同癌症中MEIS1表达与免疫细胞浸润和TME的相关性
根据图7中的结果,在各种癌症中,MEIS1的表达与大多数免疫细胞密切相关。MEIS1的表达与20种癌症类型的巨噬细胞_M2、19种癌症类型的CD8+T细胞、15种癌症类型的巨噬细胞-M1、13种癌症类型的巨噬细胞/M0和10种癌症类型的中性粒细胞相关。为了评估抗肿瘤免疫,如图8所示,在所有癌症中探索了MEIS1与TMB、MSI和NEO之间的关系。在ACC、STAD、STES、SARC、BLCA和KIRC中,MEIS1的表达与TMB呈负相关。就MSI而言,MEIS1在UCS、UCEC、SARC、STAD、STES、GBM、LGG、KIPAN、PRAD和HNSC中的表达与MSI呈负相关,而在TGCT中与MSI呈正相关。此外,在SARC、UCEC、KIRP、KIPAN、KIRC和LUAD中,MEIS1的表达与NEO呈负相关。
MEIS1相关基因与细胞增殖和分化相关
基于STRING,获得了50个实验支持的MEIS1结合蛋白。蛋白质-蛋白质相互作用网络如图9a所示。之后,在GEPIA2中通过相关性分析获得了100个相似基因,在图9b中,50个相互作用的基因和100个相似的基因具有3个交集基因。然后,整合147个基因进行GO和KEGG分析,如图9c所示。KEGG分析表明,“癌症转录失调”可能在MEIS1对癌症的影响中起着至关重要的作用。此外,通过GO分析,在生物过程(BP)水平上,大多数基因参与细胞分化和细胞命运的决定。在分子功能(MF)水平上,大多数基因参与调节DNA结合转录激活物和阻遏物活性、RNA聚合酶II特异性、增强子序列特异性和激活转录因子结合。最后,细胞成分(CC)也证明了这些基因与转录有关。
总结
总之,作者的发现提供了对MEIS1在不同类型癌症的预后和免疫治疗中的功能的全面理解。MEIS1具有作为癌症免疫治疗靶点的潜力,值得更多关注。此外,作者的研究结果可能为进一步研究MEIS1的体内外机制提供有价值的理论指导。