Annovar的数据库

最新推荐文章于 2024-03-10 21:27:23 发布
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2.Annovar中额外的数据库

annovar中额外数据库
annovar数据库

2.1 下载和查询数据库

2.1.1 数据库查询命令
perl annotate_variation.pl -downdb -buildver hg19 -webfrom annovar avdblist output/
# annotate_variation.pl 运行程序
# -downdb 下载数据库
# -buildver hg19 数据库名字hg19

annovar软件里的文件
在这里插入图片描述
因为服务里面的FTP没有配置好，无法自动下载
所以手动下载，使用** wget**,下载到output文件夹

在这里插入图片描述
文件下载成功在这里插入图片描述
查看文件

在这里插入图片描述

2.1.2 数据库下载命令
perl annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar abraom output/
# abraom 文件名txt前面的

下载** hg19_abraom.txt.gz 和hg19_abraom.txt.idx.gz**
在这里插入图片描述
同样的原因，需要手动下载到outptu文件夹

在这里插入图片描述

AAIT11
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