Annovar的数据库

最新推荐文章于 2024-03-10 21:27:23 发布
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NGS数据分析实践：02. 参考基因组及注释库的下载
hucy_Bioinfo
09-22 2165
NGS数据分析实践：02. 参考基因组及注释库的下载
对annovar注释的总结
Cassiel60的博客
01-20 7085
新的一年到了，到了该更新数据库的时候了，首先就从常用的annovar软件以及所使用的数据库开始更新吧。 1.下载最新版的annovar软件，annovar.latest版本，需要一个edu的邮箱。 2.下载注释所用的数据库，官网上太多，可以根据需要自行下载，比如下载hg19版本的, clinvar数据库更新到20190305版本了，但是NCBI数据库已经更新到20191223了，可以自己下载后...
annovar软件
06-02
example/和humandb/请另行下载
Annovar软件注释肿瘤基因突变：COSMIC数据库最新版下载与使用
最新发布
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
03-10 597
COSMIC，即：Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer。官网：https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic注意事项：Cosmic 数据库从 v71 版本开始，学术研究免费（需要学校或研究机构的邮箱注册），而商业使用需要授权目前数据库有基于 CRCh37 和 CRCh38 两种版本，根据需要选择合适的，步骤：进入主页 > 找到...
Annovar软件注释肿瘤基因突变（一）：COSMIC数据库最新版下载与使用
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
04-08 2799
COSMIC，即：Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer。官网：https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic注意事项：Cosmic 数据库从 v71 版本开始，学术研究免费（需要学校或研究机构的邮箱注册），而商业使用需要授权目前数据库有基于 CRCh37 和 CRCh38 两种版本，根据需要选择合适的，步骤...
ANNOVAR工具
weixin_30685047的博客
07-18 631
annovar软件组件介绍之一——table_annovar.pl（译） 对于初学者，使用ANNOVAr的最简单方法是使用table_annovar.pl程序，该程序采用输入突变文件（例如，VCF文件）并生成带有多个制表符分隔的输出文件，每个列表示一组注释。另外，如果输入是VCF文件，则程序还生成新的VCF输出文件，其中INFO字段填充有注释信息。 假设我们已经下载了ANN...
【变异位点功能注释annovar】实操一：如何构架库文件
jxm的博客
06-29 343
注意：如果染色体不是以数字表示，注释之前就需要替换染色体，否则后面注释出来也乱，非数字染色体。1. 下载基因组文件：fa/ fna gff3/ gff（2种格式都可以构建）2. gff 3 /gtf 转化为txt。来源：NCBI 可以查找对应的数字与编号。
ANNOVAR 注释软件
热门推荐
高锦的博客
12-13 2万+
ANNOVAR简介 ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件，可以对SNP和indel进行注释，也可以进行变异的过滤筛选。 ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。主要包含三种不同的注释方法，Gene-based Annotation（基于基因的注释）、Region-based Annotation（基于区域的注释）、Filter-based Annotation
idx_annovar.pl
09-20
Annovar中自建的数据库，如size过大，在进行注释的过程中，耗时会比较大，构建一个索引，可以大大的减少耗时，本脚本可以用于自建数据库的index构建。
下载cosmic数据库以及转换为annovar可识别的格式
Cassiel60的博客
06-28 4971
COSMIC作为肿瘤常使用的数据库，和OMIM，HGMD遗传数据库一起，可以进行区分体细胞突变和胚系突变（来源于《高通量测序技术 李金明主编》第五章 数据库里的P146),所以这些数据库的本地化就很重要了。 1.下载COSMIC数据库，进入主页，点击data下的download，找到要下载的文件点击下载（直接下载失败，用脚本下载）。 2.脚本下载时按照网页上的步骤操作，由于设置密码时不知道后期会有这种要求，就在密码中加入了感叹号！，导致提示!:event not found，这时候把 echo "ema
[更新中] NGS常见软件和数据库（肿瘤/遗传病）
Rys_Ben_Blogs
02-27 2575
变异分析
ANNOVAR注释
qq_42962326的博客
06-14 3241
1.下载需要科研机构邮箱 #http://download.openbioinformatics.org/annovar_download_form.php tar xvfz annovar.latest.tar.gz 下载数据库 perl annotate_variation.pl -downdb -buildver hg38 -webfrom annovar refGene /humandb...
基因组变异注释 — ANNOVAR（一）
long_1998的博客
12-05 2404
识别特定基因组区域的变异，例如 44 个物种的保守区域，预测转录因子结合位点，片段重复区域，GWAS hits，基因组变异数据库，DNAse I超敏位点，ENCODE H3K4Me1/H3K4Me3/H3K27Ac/CTCF 位点，ChIP-Seq 峰，RNA-Seq 峰，或许多其他基因组区间的注释。可以看到，总共的48万位点，其中有13万是在千人基因组计划出现的，有17万是在EXAC数据库出现，但是只有区区7527个位点是在COSMIC数据库出现，，在clinvar数据库的，有15575位点。
0084-【生信软件】-ANNOVAR-使用
leadingsci的博客
10-07 5680
文章目录ANNOVAR的程序模块ANNOVAR的输入文件ANNOVAR输入文件的格式转换ANNOVAR注释功能下载数据库Annotate_variation.plAnnotate_variation.pl 实例Region-based annotationFilter-based annotation下面给大家介绍常用的两种过滤注释dbSNP annotations ANNOVAR的程序模块 (A...
annovar对人类基因组和非人类基因组variants注释流程
u013816205的博客
04-27 1万+
部分翻译：Hui Y, Kai W. Genomic variant annotation and prioritization with ANNOVAR and wANNOVAR[J]. Nature Protocols, 2015, 10(10). 此文只是用于作者和所有初接触annovar软件者分享交流。更深入学习请仔细阅读全文。转载请注明。 ANNOVAR是一个perl编写的命令行工具
Annovar各程序的功能，自建avdb，构建索引
yuyuena的专栏
09-20 2674
ANNOVAR的程序模块（本人目录） ├── annotate_variation.pl //annovar主程序，功能包括下载数据库，三种不同的注释 ├── annovar_index.pl //index构建的程序，对于染色体是第一列的文件有效，修改网上程序 ├── coding_change.pl //用来推断蛋白质序列的程序 ├── convert2annovar.pl /...
annovar积累
weixin_34080903的博客
02-22 376
20170222     ANNOVAR简介 ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件，可以对SNP和indel进行注释，也可以进行变异的过滤筛选。 ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。主要包含三种不同的注释方法，Gene-based Annotation（基于基因的注释）、Region-based Annotation（基于区域的注释）、Filter-based A...
转： Annovar 软件注释流程介绍
dibiao4034的博客
12-08 899
第一步：下载Annovar 上Annovar官网下载（http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/），现在要邮件注册后才能下载。邮件注册后会给你最新版软件下载地址， 下载后文件为annovar.latest.tar.gz。 第二步：安装Annovar linux系统下用该命令解压 tar...
ANNOVAR使用笔记-过流程
abc1026497385的博客
07-04 2309
gatk的germline mutation call完之后，得到VQSR过滤之后的VCF文件，之前使用了gvcf模式，这里是多个样本合并起来的的文件。 首先官网下载ANNOVAR软件，需要注册。官网地址 解压后里面有很多.pl文件，这些是用perl写的脚本，可以直接运行，类似于： perl table_annovar.pl +参数 初级主要用到的有 annotate.pl 下载数据库，注释数据 convert2annovar.pl 将变异文件转化annovar可以使用的文件格式 annotate_vari
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