Science重磅 | 新技术Slide-seq能以高空间分辨率测量全基因组的表达情况

原文地址：https://science.sciencemag.org/content/363/6434/1463.full

Slide-seq: A scalable technology for measuring genome-wide expresssion at high spatial resolution


摘要

细胞在组织中的空间位置强烈影响者它们的功能，然而，目前缺乏可高通量且全基因组范围内在单细胞水平对基因表达进行准确捕获的技术。原文作者开发了Slide-seq技术，这是一种将组织切片中的RNA转移到表面的方法，表面覆盖有已知位置的DNA条形码珠，通过测序可以推断出RNA的位置。使用Slide-seq技术将单细胞转录组测序数据鉴定的细胞类型定位在小脑和海马内，表征小鼠小脑Purkinje层的基因空间表达模式，并定义创伤性脑损伤小鼠模型中细胞类型特异性反应的时间演变。这些研究强调了Slide-seq如何提供一种可扩展的方法，以单细胞水平的分辨率获得空间解析的基因表达数据。

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前言

复杂组织的功能与它们内部的细胞类型组成紧密有关。多重原位杂交和基于测序的方法可以测量基因在亚细胞水平的空间表达情况(1-3 )，但需要专业的知识和设备，以及预先选择用于测量的基因组。相比之下，利用条形码寡核苷酸捕获阵列进行空间编码核糖核酸测序的技术仅限于几百微米(4)的分辨率，这不足以检测重要的组织特征。

为了开发用于高分辨率全基因组表达分析的Slide-seq技术，原文作者首先将独特的DNA条形码编码的10毫米微颗粒(“珠”)包装到橡胶涂层的玻璃盖玻片上，类似于Drop-seq的单细胞转录组测序技术，形成一个我们称为“圆盘”的单层。他们发现每个珠子不同的条形码序列可以通过固相化学(寡核苷酸连接和检测测序)来确定(图1A) (6-8)。他们接下来开发了一种方案，其中10毫米新鲜冷冻组织切片通过冷冻切片(7)转移到干燥的珠粒表面。从组织中释放的mRNA被捕获到用于制备3′-末端条形码核酸序列文库的珠子(5)(图1B)。来自小鼠海马冠状切片(7)的单个珠子轮廓的聚类产生了反映组织中细胞类型的已知位置的分配(图1C)。非常精细的空间特征被分辨出来，包括位于中央心室和小鼠大脑缰核之间的单细胞室管膜细胞层(图1C)。此外，载玻片序列可应用于一系列组织，包括小脑和嗅球，其中分层组织结构可立即检测到(图1D)，以及肝脏和肾脏，其中所识别的簇分别显示肝细胞分带模式(9)和肾单位的细胞成分。人体去世后的切片序列也成功地捕捉到了在同源小鼠组织中观察到的相同结构特征。通过Slide-seq技术进行的表达测量与来自大量RNA-seq和单细胞转录组测序技术scRNA-seq一致，并且每个细胞的平均基因转录物捕获在组织和实验中是一致的。最后，通过Slide-seq和荧光原位杂交分析的脑结构尺寸中，没有发现明显的差异，这意味着mRNA以最小的横向扩散从组织转移到珠子。