药学薛定谔专题干货总结

最新推荐文章于 2024-05-01 10:45:44 发布
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使用薛定谔软件进行分子对接、虚拟筛选，基于药效团的虚拟筛选、构效关系预测分子活性等专业技术

蛋白-配体相互作用
  1. 分子对接基础、原理及对接软件介绍
  2. 分子对接软件（薛定谔) 使用

   2.1半柔性对接

      2.1.1  小分子配体优化准备

      2.1.2  蛋白受体优化及坐标文件准备
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Angus_1
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Maestro 薛定谔软件简单分子对接案例
weixin_42357472的博客
01-15 6530
#参考：Maestro 薛定谔软件使用：Maestro 薛定谔对接：sid=287811。
gojenkins 等待构建完成_【薛定谔】借助Schrodinger软件构建基于蛋白-配体复合物的药效团模型...
weixin_30348133的博客
01-02 568
药效团（pharmacophore）是配体被生物大分子进行分子识别所必需的物理化学特征及其空间排布。这些“药效特征元素”是配体与受体发生相互作用时的活性部位,它们可以是某些具体的原子或原子团,比如氧原子、羟基、羰基等,也可以是抽象的化学功能结构,如疏水团、氢键给体、氢键受体等。药效团模型方法就是一种最为杰出的基于配体结 构的药物分子设计方法。药效团的类型有多种，本次教程为大家分享Schroding...
薛定谔教程--Glide分子对接 | Ligand Docking
发呆的比目鱼的博客
06-03 4312
薛定谔教程--Glide分子对接 | Ligand Docking
【转帖】药物设计软件【schrodinger】 all manual
gjj09的专栏
12-10 5230
药物设计软件【schrodinger】 all manualSchrödinger（薛定谔）是药物发现的完整软件包，包括：基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式；基于受体结构及配体极性的对接模式；基于受体结构及溶液环境性质的对接模式；组合化学库设计及基于组合库的对接模式；基于配体结构的药物设计，药效团和3D-QSAR；生物分子结构模拟，蛋白、糖、核酸、小肽等；基于靶点的药物设计；AD
【Schrödinger薛定谔软件使用实战】- 4lyw蛋白实战
最新发布
bblb的博客
05-01 1580
带来薛定谔软件的使用4lyw蛋白实战教程
薛定谔 | 用药效团模型筛选药物
药研猿的博客
10-20 1333
药效团筛药
delete优化_分子模拟软件Schrodinger教程基础篇：受体蛋白的预处理与结构优化
weixin_39656686的博客
11-09 1333
作者/ 利刃君公众号/ 叮当学术发布计算机辅助药物设计相关知识，分享分子模拟软件教程及各类科研干货。轻松科研，简单生活~知乎 /叮当学术借助Schrödinger软件对蛋白结构进行预处理与结构优化，以该方法处理完成的蛋白结构可用于分子对接、建模等以蛋白受体结构为研究对象的研究任务。1蛋白处理从PDB、供应商和其他来源获得的结构文件往往缺乏执行建模相关任务所需的信息。通常，这些文件...
薛定谔 | 分子药效团构建
药研猿的博客
10-20 1655
部分有两个选项，第一个选项是程序对输入的配体集进行自动叠合，这种情况下默认是没有进行构象搜索，因此当选中第一个后，页面下方产生构象的选项可以勾选。第二个选项意思是这些小分子是预先叠合好的，因此它们就不能再进行构象搜索，否则会对预先叠合结果产生影响，因此当选中第二个选项后，页面下方产生构象的选项就无法勾选。基于受体-配体复合物产生药效团和第一种情况类似，但需要对复合物进行预处理。在左侧需要提前选中所有的配体分子。，设置每个配体分子产生构象个数。
薛定谔 | 共价对接
药研猿的博客
10-20 4716
官网地址：https://www.schrodinger.com/science-articles/covdock。高通量虚拟筛选模式:(速度快，适用于筛选大量化合物，迅速找到潜在的共价结合分子)精确对接模式:（速度慢，更精确，适用于预测分析少量配体分子结合模式）此步对蛋白去除无用链、去除结晶分子、去除水分子、加氢、能量最小化。对配体分子质子化、生成所有可能的同分异构体。
FORTRAN.zip_薛定谔_薛定谔方程
09-20
总结来说，这个FORTRAN程序是一个用于数值模拟非线性薛定谔方程的工具，它可能涉及到的IT知识点包括FORTRAN编程、数值分析、量子力学、非线性动力学、离散化方法、迭代算法、并行计算以及数值稳定性和边界条件的处理...
qs.rar_薛定谔_薛定谔方程
09-22
《薛定谔方程及其在电场下转动光谱计算中的应用》 薛定谔方程，是量子力学的基础，由奥地利物理学家埃尔温·薛定谔于1926年提出，它揭示了微观粒子如电子、原子等在量子状态下的行为规律。这个方程在物理学领域具有...
薛定谔的日语学习小程序源码
06-13
薛定谔的日语，学习日语小程序源码。薛定谔的日语是一款学习日语的小程序源码， 首页包含了日语中的50音图，让用户可以在小程序中看到日语词和跟读发音， 学习完50音图以后还可以进行练习，小程序会随机提问50音图...
nsml_NSML_薛定谔方程_
09-29
非线性薛定谔方程（Nonlinear Schrödinger Equation, NSML）是量子力学领域的一个重要模型，用于描述量子系统中非线性效应。这个方程在凝聚态物理、光学、超冷原子和量子混沌等领域有广泛的应用。NSML与线性薛定谔...
chapter06_三次薛定谔方程_薛定谔_薛定谔方程_
09-30
在量子力学领域，薛定谔方程是描述微观粒子运动的基本方程，它是由奥地利物理学家埃尔温·薛定谔于1926年提出的。薛定谔方程以其简洁而强大的理论框架，成为了理解原子、分子乃至更大尺度量子系统的基础。当我们遇到...
薛定谔 | 分子对接及基于受体的虚拟筛选
药研猿的博客
10-20 4695
在正常准备蛋白的步骤中弹出了蛋白质中一些位置可变的残基（如下图所示），选中任意一种残基，点击next position会展现出这个残基可能的其他构象，点击commit即选定这个位置，表格中的数字表示这种位置的残基可能的概率大小，当所有残基都commit后，再点击update，将选定的这一组氨基酸的定位给固定下来（当然每个残基要选哪一个残基要靠自己的判断进行适当的取舍，对于不在活性口袋的可变残基可忽略其可变的位置。输入PDB ID获取。鼠标点击蛋白-配体复合物中的配体分子即可生成下图所示的格点盒子。
薛定谔 | 先导化合物优化与相互作用可视化
药研猿的博客
10-20 1019
当获得针对某个靶点的先导分子后，想要在此基础上进行化学结构修饰。为了提升化学改造的成功率可以采用本教程方法进行结构虚拟改造/优化。每用薛定谔处理一个新任务，第一步必须创建新的project以方便日后管理。选项卡中修改工作路径（可以方便地找到输出文件）
薛定谔 | 诱导契合对接(结合位点柔性)
药研猿的博客
10-20 3402
所谓诱导契合对接说的直白点就是在对接过程中，不仅小分子改变pose(姿势),结合空腔中的氨基酸残基位置也会改变。即配体和受体双向奔赴的过程。
Schrodinger Maestro分子对接详细教程 薛定谔软件 薛定谔 Maestro对接
GHZ2443063059的博客
08-08 8626
chrodinger是药物发现的完整软件包，包括：基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式；基于受体结构及配体极性的对接模式；基于受体结构及溶液环境性质的对接模式；组合化学库设计及基于组合库的对接模式；基于配体结构的药物设计，药效团和3D-QSAR；生物分子结构模拟，蛋白、糖、核酸、小肽等；基于靶点的药物设计；ADME性质预测；
分子对接软件（薛定谔Schrodinger) 使用
pang0416的博客
03-16 6950
蛋白-配体相互作用、柔性对接及基于结构的虚拟筛选、基于药效团虚拟筛选、构效关系模型预测分子活性
matlab 解薛定谔
04-10
在Matlab中解薛定谔方程可以使用数值方法或符号计算方法。下面是一种常见的数值方法： 1. 定义薛定谔方程：薛定谔方程描述了量子力学中粒子的行为，可以表示为一个偏微分方程。对于一维情况，薛定谔方程可以写为： ![Schrodinger Equation](https://latex.codecogs.com/gif.latex?i%5Cfrac%7B%5Cpartial%20%5Cpsi%7D%7B%5Cpartial%20t%7D%20%3D%20-%5Cfrac%7B%5Chbar%5E2%7D%7B2m%7D%20%5Cfrac%7B%5Cpartial%5E2%20%5Cpsi%7D%7B%5Cpartial%20x%5E2%7D%20+%20V%28x%29%20%5Cpsi) 其中，![hbar](https://latex.codecogs.com/gif.latex?%5Chbar) 是约化普朗克常数，m 是粒子的质量，V(x) 是势能函数，ψ 是波函数。 2. 离散化空间和时间：将空间和时间分割成离散的网格点，可以使用有限差分法或有限元法进行离散化。 3. 迭代求解：根据离散化后的薛定谔方程，使用迭代方法（如迭代法、龙格-库塔法等）求解波函数的时间演化。 4. 初始条件和边界条件：为了开始迭代求解，需要给定初始条件和边界条件。初始条件可以是波函数在初始时刻的值，边界条件可以是波函数在空间边界处的值。 5. 可视化结果：通过绘制波函数随时间演化的图像，可以观察到量子系统的行为。

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