1.拿到一个已经设计好的引物表的时候,发现格式很乱,所以首先就是按照一定的格式把引物格式做好
2. 把panel 按照如下格式进行调整,UniqueID要对应数据库,其中End应为Start加上Ref的碱基个数。
3. hotspot 需要参照其他bed文件,自行添加头信息,修改makeTargetAndHotspot.py,运行。
#!\usr\bin\python
# coding=utf-8
import pandas as pd
panel = pd.read_excel('test_panel.xlsx', header=0)
amp = pd.read_excel('lung_fusion.xlsx', header=0)
exwriter = pd.ExcelWriter('results.xlsx')
# 生成hotspot dataframe
hotspot = pd.DataFrame(columns=['Chr', 'Start', 'End', 'UniqueID', 'Score', 'Direct', 'info', &