WGCNA将共表达基因与表型数据相关联

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单纯的共表达基因集合的结果并不能与我们的实验设计相关联,对于识别到的几十个共表达基因集合,一一进行富集分析去挖掘其功能,看上去如此的盲目,没有目的性,所以我们需要对共表达基因集进一步挖掘,常规的做法就是分析其中与性状相关的共表达基因,然后针对这些基因通过富集分析来研究其功能。

在WGCNA中,有两种常见的关联表型与共表达基因的方法

1. 相关性分析

这种方法要求提供每个样本对应的表型数据的值,利用这个值与module的第一主成分值进行相关性分析,根据相关性分析的结果。识别与表型相关联的modules。

表型数据示例如下

sample weight_g length_cm ab_fat
F2_290 36.9 9.9 2.53
F2_291 48.5 10.7 2.9
F2_292 45.7 10.4 1.04
F2_293 50.3 10.9 0.91

第一列为样本,其他列代表不同的表型,尽量不要有空值,早进行相关性分析时,空值会被剔除,所以太多的空值会影响相关性分析的结果。

在识别modules的过程中,会根据module的第一主成分,即ME值合并modules, 合并之后的modules需要重新计算对应的ME值

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