科研绘图系列:R语言mantel_test结果可视化

介绍

Mantel test,由Nathan Mantel在1976年提出,是一种用于检验两个矩阵相关关系的统计方法。它特别适用于分析不同样本的变量在不同类别中的相关性,比如生态学中样本间的两两距离矩阵的相关性分析。与传统的相关系数不同,相关系数主要处理两列数据之间的相关性,而Mantel test能够处理两个矩阵之间的相关性问题。

Mantel test的原假设是两个矩阵之间没有相关关系。检验过程包括将两个矩阵展开为变量两列,计算相关系数(常用Pearson相关系数),然后通过置换测试来评估相关性。具体来说,会进行成千上万次的置换,每次置换后重新计算相关系数,并形成相关系数的分布,最后比较实际观测到的相关系数在该分布中的位置。

在实际应用中,Mantel test可以分析例如微生物群落与植被群落之间的关系,通过比较微生物的Unifrac矩阵和植物的Bray-Curtis距离矩阵来进行相关性分析。此外,Mantel test的结果会受到相关方法的影响,例如使用不同的相关系数计算方法(如Pearson、Spearman等)可能会导致不同的显著性结果。

加载R包

knitr::opts_chunk$set(message = FALSE, warning = FALSE)

library(tidyverse)
library(linkET)
library(vegan)


# rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
options(future.globals.maxSize = 10000 * 1024^2)

导入数据</

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Mantel test是一种用于计算两个相关性矩阵之间相关性的统计检验方法,它用于判断两个矩阵之间的关联是否存在显著性。mantel test python包则是用于在Python编程语言中进行Mantel test的工具包。 mantel test python包通常提供了实现Mantel test所需的函数和方法。使用这个工具包,我们可以将两个相关性矩阵作为输入,并计算它们之间的相关性,并给出相关性的检验结果。根据结果,我们可以判断两个矩阵之间的相关性是否具有统计显著性。 在使用mantel test python包时,通常需要先导入相应的库,例如scipy和numpy。然后,我们可以使用这些库中的函数来计算相关性矩阵,并使用mantel test函数来执行Mantel test。根据具体的使用情况,我们可以指定两个矩阵的类型(如距离矩阵或相关系数矩阵)、相关性的计算方法以及显著性水平。 值得注意的是,mantel test python包不仅仅适用于基础的Mantel test,它还常常提供了其他变种的相关性检验方法,如Partial Mantel test和Pearson Mantel test等。这些方法可以处理更复杂的相关性分析问题,增加了在实际问题中的应用范围。 总结来说,mantel test python包是用于在Python中进行Mantel test的工具包,它提供了计算相关性矩阵并执行相关性检验的函数和方法。使用mantel test python包,我们可以判断两个矩阵之间的相关性是否显著,并进行更复杂的相关性分析。
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