网络药理学：12、分子对接之vina的结果分析相互作用（氢键与pi键）和可视化处理（pymol合并蛋白配体，vina_split脚本分离构象，文本操作得到复合物）

前言：因为有人私下来问我，我才发现有人可能不知道MGLTools其实就是Autodock Tools，有的人也会称它为ADT，因为是通过adt.bat打开的。本文全部用ADT指代。
同时本来也不准备发这篇笔记的，但是后台有一些粉丝才问，才总结。

1.使用ADT分析相互作用

导入vina结果的pqbqt文件

Analyze->Dockings->Open Autodock vina result导入MOLxxx_out.pdbqt。选择Single xxx

出现warning弹窗直接选择确定即可，显示如下：

使用键盘方向键←→可以切换构象。每个构象上都可以看到结合能。

导入蛋白并分析

Analyze->Macromolecule->Open导入蛋白的pdbqt文件。
Analyze->Dockings->Show Interactions，便会弹出面板如下：

注意画红框的部分，接下来会详细分析。

氢键分析

选中氢键分析，可以发现一些地方从实心球体变成线框。这些变化的部分就是参与了氢键的原子。

同时，在下面Show Hydrogen Bonds as Spheres面板中显示的chainA:A:ARG114:HH12 0信息，点击后会变为chainA:A:ARG114:HH12 1意思是：

• ARG114: 表示这个氢键涉及的氨基酸残基是精氨酸Arginine，其序列位置为114。
• HH12: 表示这个氢键涉及的氢原子是精氨酸残基Arg114上的第12个氢原子。
• 1: 表示这个氢键的长度为1埃（Å）

pi-pi键分析和pi-cation键分析

选中pi-pi键，显示如下：

选中pi-cation键，显示如下：

说明没有pi-pi键或pi-cation键或cation-pi键。

2.使用ADT保存配体构象（得到pdb）

在步骤1后，将受体蛋白删除后，file/save/write pdb保存配体的构象。譬如这里命名为MOLxxx_out_1.pdb。

3.使用pymol合并蛋白和配体构象（得到pdb）

将刚刚的lig1.pdb和受体蛋白.pdb（去水去配体处理后的，我这里是chainA.pdb）拖拽进pymol，然后export molecule直接保存为complex.pdb

注意此时不要退出pymol，直接将蛋白和配体隐藏掉后，再拖拽complex.pdb进来，看是否真的是结合好了的蛋白和配体，如下：

再隐藏complex.pdb，查看蛋白和配体。对比看下和刚刚的complex.pdb是否位置一样。

可以发现是一样的哈。

4.使用pymol直接保存配体构象（步骤2的替代）

有时候可能不需要通过ADT来分析相互作用，譬如我就直接选结合能最低的那个构象就好了，那么我们可以直接用pymol来保存配体构象即可。
将vina对接结果的pdbqt拖拽进来，显示如下：

1/9代表着这是第一个构象，因为构象都是对接分数由高到低（结合能由小到大排列）的，所以一般第一个构象就是结合能最低的那个。
然后我们export molecule直接保存为lig1.pdb即可保存配体构象。
当然，点击▶播放键也可以查看9个构象的变化动画，点击⏩的话可以切换到下一个构象，点击尾页的键就是到第九个构象（这个emoji不知道怎么打hhh）。

5.使用pymol直接生成复合物（步骤3的替代）

将vina对接结果的pdbqt拖拽进来
并把受体蛋白.pdb（去水去配体处理后的，我这里是chainA.pdb）拖拽进pymol
然后export molecule直接保存为complex.pdb
也会直接生成第一个配体构象和蛋白结合的复合物体系
不需要像步骤3一样将配体构象lig1.pdb再拖拽进来了。

最终生成有9个构象，但是pymol打开pdbqt文件，里面只有一个构象，右下角state显示1/1该如何解决？
解决方案来自b站评论：
在使用vina命令行生成分子对接结果时，存在默认参数–energy_range arg (=3) 表示默认与最优模型能量相差允许为3以内，尝试把3改成5则会显示更多的构象。

6.UCSF Chimera相关操作（不常见）

奇美拉软件也可以进行配体构象的保存以及复合物的生成操作，因为本人不用奇美拉软件，所以感兴趣的同学可以看这个视频：https://www.bilibili.com/video/BV1tf4y1y7TG/

7.vina_split脚本保存配体构象（得到pdbqt）

下载autodock vina时，会自动下载工具vina_split脚本，来分离配体构象。

我们准备一个工作目录为vina_split，目录下只存在我们的vina对接pdbqt结果。
然后在该工作目录上打开命令行工具，输入命令：

vina_split --input 你的vina对接pdbqt结果

然后看到输出

prefix for ligands xxx
prefix for flexible xxx

则说明分离成功。
目录下会自动生成分离后的9个构象，每个构想都是原文件名加_ligand_序号，如下：

8.文本操作合并蛋白和配体构象（步骤3的替代，其实不推荐hhh）

在b站上查看分子动力学模拟的教程的话，可以看到很多都是用文本操作来合并蛋白和配体构象的，在这简单演示一下。

注意！合并蛋白和配体构象的话，最好使用同一种格式，要么都是pdb，要么都是pdbqt。
否则最后pymol检验打开的话，可能会看到一些球型结构显示的原子，这些就是pymol识别不出来的非键原子。
不过因为不同的软件对于pdb和pdbqt，以及pdbqt和pdb格式混合在一起的识别不一样，譬如奇美拉打开可能就不会有球星结构显示的原子。
总之使用同一种格式的话出错的概率会小很多。

记事本打开步骤2生成的配体构象lig1.pdb
记事本打开蛋白chainA.pdb（注意是去水去配体等前置处理后的）
新建一个文本文件complex.txt，将chainA.pdb的记事本内容全部复制进去
然后在最后一行END前，将lig1.pdb的记事本内容插入进去。
最后将complex.txt重命名为complex.pdb，拖拽进pymol检验。可以发现也是成功显示了蛋白配体复合物体系。