文章探讨了微生态研究中的核心难点——基因组组装，指出传统NGS方法在宏基因组组装上的局限性。随着三代长读长测序技术的发展，completeMAGs的组装成为可能，显著提高了微生物物种分类的准确性及功能基因组注释的全面性。三代宏基因组测序在发现不可培养微生物和研究抗性基因方面展现出优势，推动微生态研究进入新的阶段。
微生态研究的核心难点是什么！
基因组组装！
从宏基因组数据中组装获得细菌的完整基因组（complete MAGs）是微生物组研究的长期目标，但基于NGS的宏基因组测序和组装方法是无法实现完整的细菌基因组组装的。即便是红极一时的宏基因组Binning, 依旧存在组装碎片化，污染率高的问题！
伴随着技术的不断进步，实现complete MAGs组装已成为现实！三代长读长测序大幅度提升了宏基因组的组装效果，成功解决了NGS宏基因组鉴定种群较少、优势菌种基因组组装质量较差，核心基因组分功能信息分析不全等问题。
更准确的微生物物种分类，更全面的功能基因组注释无疑已成为微生态研究者的更高目标和追求！
图 三代宏基因组组装获得的cMAG与成功分离的单菌的基因组共线性分析，三代宏基因组组装完整性一流，准确度近100%）
图 三代宏基因组测序发现不可分离培养的微生物类别 （三代宏基因组研究适用于宏样本中不能分离培养的新物种的发现和研究）
图 三代宏基因组cMAGs可以轻松跨越基因组岛和rRNA区域，实现更详实准确的宏基因组功能研究。
图 三代宏基因组组装注释，发现更多新基因，实现更详实准确的宏基因组功能研究。
图 三代宏基因组组装的高质量MAGs鉴定出的独特类型抗生素抗性基因ARG分布统计，为抗性基因研究提供可靠数据。
三代测序时代已全面来临
就现在！期待您的宏组学研究也做出改变！
参考文献
1. HiFi metagenomic sequencing enables assembly of accurate and complete genomes from human gut microbiota. Nature Communications, 2022.
2. Expanded catalogue of metagenome-assembled genomes reveals resistome characteristics and athletic performance-associated microbes in horse. Microbiome, 2023.
3. Assessing long-read sequencing with Nanopore R9, R10 and PacBio CCS to obtain high-quality metagenome assembled genomes from complex microbial communities. bioRxiv, 2021.
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