产品升级|宏病毒组：为啥别人未知病毒质量这么高？？

宏病毒组的研究做了这么多，从宏基因组分析结果中鉴定得到数百万个新病毒序列，我们发现这些病毒序列（vOTUs）的质量和完整性参差不齐。宏基因组研究中经常会用的CheckM来评估组装MAGs完整性和污染度，那么，如何有效的评估宏病毒组研究中获得的vOTUs质量和完整性？这就需要用到CheckV软件。

CheckV评估可将病毒序列分为高质量（>90%完整性）、中等质量（50-90%完整性），低质量（0-50%完整性）或不确定质量，其依据是未培养病毒基因组（MIUViG）标准的最低要求。

我们首先来看看2021年发表于《Nature Microbiology》的文章，作者构建了宏基因组肠道病毒目录（Metagenomic Gut Virus，MGV），作者应用CheckV评估，获得了189,680个至少50%完整的基因组，包括根据直接末端重复(n = 19,704)、宿主-病毒边界(n = 5,123)和倒末端重复(n = 1,203)确定的26030个完整基因组。为了提高基因组质量，作者从这些序列中删除了侧翼的宿主区域，确认病毒基因组没有宿主污染。

图 从人类肠道宏基因组中回收了数千个高质量的病毒基因组[1]

再来看看2022年发表于《Microbiome》的深海热液区宏病毒组与宿主互作研究，从来自全球8个热液喷口的34个宏基因组数据集中鉴定了4,662个病毒分类单元（vOTU）。这些病毒具有高度的遗传多样性，CheckV评估表明，近一半的vOTU代表中等及以上质量的病毒基因组，包括1731个完整的病毒基因组。

图 深海热液区病毒多样性及其与宿主相互作用[2]

看看别人的研究结果

再看看自己手里的数据小编也不禁发出灵魂提问

CheckV最早于2020年底发表于《Nature Biotechnology》[3]期刊，目前一直在更新，从最早的v0.5，到现在版本v1.5.2。CheckV可用于识别病毒基因组、评估基因组片段完整性并从整合原病毒中去除侧翼宿主区域。

图 CheckV评估病毒基因组质量和完整性的流程[3]

从以上分析流程不难看出，CheckV的评估是非常依赖于病毒数据库的。凌恩生物宏病毒组研究全面扩大了病毒数据库，构建了来源与NCBI& IMG/VR V4数据，包含原核、真核宿主来源的3.2M个已知病毒数据库（产品升级| 凌恩生物最新的病毒数据库重磅上线！）。

凌恩生物通过对以往数据（水体、土壤、粪便样本等）的测试，基于扩大后的数据库会让以前90% unknow的病毒比例下降很多。

图 凌恩生物宏病毒组测试数据vOTUs注释占比

凌恩全面升级宏病毒组对vOTUs的质量评估流程

优势如下

1. CheckV去除宿主污染，使得宏病毒vOTU的侧翼序列鉴定更加准确
2. 超大的病毒数据库，未知病毒注释比例显著降低至少30%
3. 新增宏病毒组ANI指数计算，vOTUs物种分类更加明确

此外，凌恩开发了全新的真核宿主-病毒数据注释流程，通过blastx/blastn比对已知病毒数据库，鉴定病毒序列，然后构建病毒系统进化树，让真核宿主的vOTUs注释以及宿主识别更加准确！（新品上线！这个真核宿主-宏病毒组分析流程，太合我意了吧！）超大的病毒基因组数据库，完善的分析流程，大幅提升宏病毒组注释质量！

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参考文献

[1]Metagenomic compendium of 189,680 DNA viruses from the human gut microbiome viruses. Nature Microbiology, 2021.

[2]Virus diversity and interactions with hosts in deep-sea hydrothermal vents. Microbiome, 2022.

[3]CheckV assesses the quality and completenessof metagenome-assembled viral genomes. Nat Biotechnol, 2020.