全新高分思路！泛基因组+泛转录组：超越单一基因组，基因家族全面分析

全基因家族鉴定和进化分析对于揭示物种的遗传多样性、理解基因功能和调控网络、以及探索物种适应性和进化历史具有至关重要的意义。近几年随着众多物种的基因组数据的公开，全基因组范围内的基因家族分析文章发表数量也日渐增长。但传统的研究无一例外都是基于单个参考基因组内的基因调查，有天然的缺陷，无法得到完善且准确的研究结论。

澳大利亚默多克大学的李承道院士课题组在《Plant Communications》在线发表了题为“Pangenome and pantranscriptome as the new reference for gene family characterisation – a case study of basic helix-loop-helix (bHLH) genes in barley”的研究论文，创新性地结合了大麦的泛基因组和泛转录组数据，分析了bHLH 基因在大麦里的分布，数量，复制扩张机理和转录特征。提供了一个通过泛基因组+泛转录组快速有效地呈现和解释泛基因组时代的基因家族进化的研究模板。 

期刊：Plant Communications                   

影响因子：9.4

发表时间：2024.11                   

样本类型：大麦

一、实验设计

图 研究流程

二、主要研究结果

1、大麦泛基因组组装中的 bHLH 鉴定及分类

使用 BITACORA对20个不同品种的大麦基因组中bHLH基因进行鉴定。不同基因组中bHLH基因的鉴定总数从161到176不等（图1 A）。为了研究大麦泛基因组中bHLH的保守性，将鉴定出的bHLH基因分配到201个直系同源基因组（OGG）内，并进一步细分成140个core bHLH（20个品系中均存在）和61个非必要bHLH；非必要bHLH包含了12 个soft-core,（保守品系≥90%），29个shell（保守品系＞10%），和20个line-specific/cloud（保守品系≤10%）bHLHs。在注释到的基因中，非必要bHLH的数量范围为14至28，新预测到的bHLH基因中，非必要bHLH数量范围为4至9（图1 B-C）。

图1 大麦泛基因组中bHLH的鉴定

2、基于泛基因组的大麦bHLH基因家族系统发育分类

为了研究大麦中bHLH的真正进化地位，将大麦中的201个bHLH正交基因群（OGGs）分为23个亚家族，并与水稻中的bHLH基因进行了比较。结果发现某些亚家族中存在较多的非必要bHLH。此外，core bHLH在所有品种中都存在，而非必要bHLH在某些品种中可能缺失（图2）。

图2 大麦和水稻中bHLH 的系统发育分类

3、CNV分析（ARGs）

对大麦泛基因组中bHLH基因进行了CNV分析，结果表明，大部分core bHLH均以单拷贝形式存在，但部分核心bHLH在部分品种中是多拷贝。多拷贝的非必要bHLH包含最多高度扩增的OGG。相反，其余单拷贝的非必要bHLH相对稳定。此外，大多数品系特异性bHLH也以单拷贝形式存在（图 3）。

图3 大麦中bHLH的拷贝数变异

4、同线性、基因重复类型和转座子元件分析

对大麦泛基因组中bHLH 基因的重复类型进行了计数和分析。结果显示，分散重复是导致 bHLHs 扩增的主要机制，并且Core bHLH和soft-core bHLH具有相似的WGD/节段重复和分散重复占比（图4 A）。进行了转座子（TE）预测以进一步研究大麦 bHLH 基因CNV的潜在遗传机制。结果显示，大麦泛基因组中50%的基因包含完整的TE， DNA TE占已其中的大多数，而RNA介导的逆转录TE占比约四分之一（图4 B）。具有CNV的bHLH基因可识别到的TE数量显著高于不具有CNV的bHLH，且TE数量通常与每个bHLH亚家族中core bHLH数量成正比（图4 C-D）。

图4 bHLH的同源性和基因重复类型分析

5、自然选择分析

为了评估作用于大麦中bHLH基因家族的自然选择压力，计算了每种 OGG 的 非同义替换 (Ka) 与同义替换（Ks)和 Ka/Ks 值。结果表明，非必要bHLH的Ka、Ks及Ka/Ks 值的中位数均显著高于core bHLH，并且非必要bHLH的Ka/Ks值相较于核心bHLH的Ka/Ks值更加分散（图5 A）。进一步计算并比较了不同亚家族的选择压力。结果显示，不同 bHLH 亚家族的Ka平均值远低于Ks，并且部分亚家族显示出较高的Ka/Ks值，表明不同亚家族在自然选择压力下的差异(图5 B) 。

图5  bHLH在泛基因组水平上的自然选择分析

6、转录组分析

分析了最近获得的大麦5种组织的泛转录组测序数据以表征bHLH的转录谱。根据bHLH基因的表达模式进行聚类，并将其聚类模式与基因系统发育进行比较，发现大多数 bHLH 亚家族通常包含在不同组织中，具有不同表达谱的基因成员（图6 A-B ）。进一步分析了bHLH基因表达的相对标准差，结果表明表达水平较高的基因在不同大麦基因组中表现出较低的表达变化，而表达水平较低的基因在不同品系中往往更具可变性（图6 C）。

图6 bHLH的泛转录组分析

三、研究结论

本研究通过泛基因组和泛转录组分析，揭示了大麦bHLH基因家族的全面概况，包括基因的多样性、表达模式和进化动态。研究发现特定bHLH亚家族的扩张可能与大麦的环境适应性相关，转座元件在其变异中起作用，非必要基因面临更宽松的选择压力。这项工作为理解植物基因家族的复杂性和功能提供了新的视角，并为作物改良提供了潜在的基因资源。

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参考文献

Tong C, Jia Y, Hu H, Zeng Z, Chapman B, Li C. Pangenome and pantranscriptome as the new reference for gene family characterisation - a case study of basic helix-loop-helix (bHLH) genes in barley. Plant Commun. 2024 Nov 9:101190.