关于Count，FPKM，TPM，RPKM等表达量的计算及转换 | 干货

原文链接：关于Count，FPKM，TPM，RPKM等表达量的计算及转换 | 干货

写在前面

今天使用count值转化TPM，或是使用FPKM转换成TPM。这样的教程，我们在前面已经出国一起相对比较详细的教程了，一文了解Count、FPKM、RPKM、TPM | 相互间的转化，在这个教程中，我们也归纳了各个数值的含义。但是，也许你看到后，会添加到自己的收藏夹中，但是，后面就没有看了。自己也是这样的，一个人的时间和精力是有限的，我们不可能有那么多的精力。因此，做学习笔记就有很大的帮助，当自己使用的时候有地方找寻。

本教程涉及的数据、代码和文件等在社群中可获得！！

回顾一下知识点

Count

**定义：**高通量测序中比对到exon上的reads数。可以使用featureCounts、HTseq-count等软件进行计算。

**优点：**可以有效说明该区域是否真的有表达及真实的表达丰度。能够近似呈现真实的表达情况。

**缺点：**由于exon长度不同，难以进行不同exon丰度比较；由于测序总数不同，难以对不同测序样本间比较。

FPKM

FPKM: FPKM的全称为Fragments Per Kilobase Million，Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments(每千个碱基的转录每百万映射读取的fragments)。通俗讲，把比对到的某个基因的Fragment数目，除以基因的长度，其比值再除以所有基因的总长度。注意，这里的基因长度是指基因外显子的总长度。

RPKM

RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的reads)；

FPKM与RPKM的区别

RPKM通常用于单端测序，FPKM常用于双端测序