参考基因组 坐标转换 hg38 hg19

最新推荐文章于 2024-08-21 10:22:36 发布
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分类专栏： 生信
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参考基因组 坐标转换 hg38 hg19

俗话说，工欲善其事必先利其器
首先，你要有一套nb的工具，这里就介绍一下 UCSC 的 liftOver，这就是用来做 不同版本基因组间的转换。

1、下载必要的软件和文件

# 下载坐标转换对应文件，hg19到hg38
# wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz
rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38.over.chain.gz .
gunzip hg19ToHg18.over.chain.gz

#下载转换工具
wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver
chmod 755 liftOver

2、进行转化

./liftOver oldFile hg19ToHg18.over.chain newFile unMapped
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基因组坐标转换，hg19 hg38 T2T相互转
qq_21478261的博客
04-30 260
支持输入格式。
生信技能52 - VCF文件hg38与hg19坐标相互转换
LittleComputerRobot的博客
07-11 223
对SNP/INDEEL Calling获得的VCF文件进行hg38与hg19的坐标相互转换
不同参考基因组版本转换hg38tohg19 vcf
hh5187的博客
10-06 2514
下载hg19的2bit文件 wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/hg19.2bit 下载2bit to fasta工具，将2bit格式的参考基因组转换为fasta格式 rsync -aP rsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/genome/admin/exe/linux.x86_64/ ./ ...
做研究用hg19还是hg38基因组？一行代码将hg19的bw文件转成hg38
微生信
08-28 1071
数据分析的时候，一定要看清楚，网上的数据到底是hg38还是hg19！因为除了大型数据库外，其他的小型数据库、网站经常是发了文章就不再更新，甚至是发了文章6个月以后就找不到那种，一定要“三思而后行”，避免浪费时间！...
liftOver进行基因组坐标转换
qq_27390023的博客
06-30 1039
Liftover是UCSC中用于基因组版本之间转换的一个工具，既可以做某一物种内基因组版本的转换，还可以做物种间基因组版本的转换。http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver
一看就能学会的，不同基因组版本坐标转换方法
庐州月光的博客
03-29 3083
欢迎关注”生信修炼手册”!对于同一个物种而言，会存在不同的基因组组装版本，以human为例，UCSC有以下多个版本hg38/GRCH38hg19/GRCH19hg18/NCBI18由于版...
crossmap:在装配体之间转换基因组坐标-开源
04-29
CrossMap是一个程序，用于在程序集之间方便地转换基因组坐标和基因组注释文件（例如，从GRCh36 / hg18提升到GRCh37 / hg19或反之亦然）。它支持BAM，SAM，BED，Wiggle，BigWig，GFF，GTF格式的文件。
CrossMap基因坐标转换：hg38和hg37互换
Timo_CSDN的博客
03-25 3085
CrossMap 1. 安装 直接通过python安装（好像需要事先装有anaconda3） python --version ##查看自己的python版本 pip3 install CrossMap #Install CrossMap supporting Python3 pip3 install CrossMap --upgrade #upgrade pip2 install CrossMap #Install CrossMap supporting Python2.7.* pip
生信分析进阶8 - 提取hg19/hg38参考基因组着丝粒和端粒区域（灰区）bed
最新发布
LittleComputerRobot的博客
08-21 79
对hg19/hg38参考基因组着丝粒区域、端粒区域、微卫星重复区域和异常比对区域等进行统计，输出bed文件
bed vcf 文件 GRCH37转 GRCH38 hg19 转hg38
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02-29 5169
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liftOver 不同版本基因组文件相互转化
邓飞----育种数据分析之放飞自我
05-30 1605
大家好，我是邓飞。前一段时间有小伙伴在星球提问：想将不同版本的SNP数据合并，不想重新call snp，想把绵羊的V2和V4版本的数据合并，具体来说，是V2转为V4然后与V4合并。我建议用liftOver软件进行处理，并许诺写篇博客介绍一下。还有小伙伴想把1.2的参考基因组，变为3.1的，问我如何处理，我还是建议用liftOver，在线网站也可以解决，但是本地编程更快一些。
hg18vshg19转换工具
悠悠的博客
10-09 2212
(BED or chrN:start-end formats):  (BED or chrN:start-end formats): http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver
{转载}+{实践}hg37转hg38
where is redhat
10-19 3202
原文：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6a6c136d0102vy13.html 基因组定位转换： 前言：最近在整理一批数据，有一部分数据是hg19的定位，还有一部分是hg38的定位。最后需要将这两部分数据都统一到hg38的定位，因此需要批量将hg19的定位转换到hg38的定位。之前UCSC上有一个工具——hgLiftOver，是在线的。 #(该工具在不同装配之...
linux+基因组字符替换,liftover基因组版本直接的coordinate转换
weixin_27051161的博客
05-15 349
下载地址:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/使用方法:【从hg38转到hg19】因为主流的基因组版本还是hg19，但是时代在进步，已经有很多信息都是以hg38的形式公布出来的了。比如，我下载了pfam.df这个protein domain注释文件，对人的hg38基因组每个坐标都做了domain注释，数据形式如下：查看文件内容head pfam.hg3...
liftover的使用/用法
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搜狗坐标转换
Zeeeitch
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项目网页中嵌入了搜狗地图，地图操作用的是搜狗坐标，手机端搜集来的是gps坐标。在实现一些功能的时候需要匹配两个坐标，需要转换。调用搜狗web api转换。 #!/usr/local/bin/python # coding=utf-8 import os import re import string from urllib import urlopen import time impo
liftOver - 基因组坐标在不同基因组注释版本间转换
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Bioconductor学习_基因组坐标体系-Granges和IRanges
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什么是Granges Granges是R语言中的数据结构，它主要用来存储基因组中的坐标区间。对于R语言的用户来说，这是一种非常快捷的方式来处理基因组的数据。 我们知道基因组中有非常多的间隔区间，例如基因区域，snp区域，启动子区域 等等。很多区域之间都会有相互的重叠，例如启动子可能会和SNP区域有重叠，转录因子结合位点会覆盖启动子区域 等等。 GenomicRanges和IRanges两个包，可...
下载hg19/hg38/mm9/mm10 参考基因组
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您可以通过以下步骤下载UCSC网站上的hg19/hg38/mm9/mm10参考基因组： 1. 打开UCSC网站（https://genome.ucsc.edu/），点击上方的“Genomes”选项卡，选择要下载的基因组版本，如hg19/hg38/mm9/mm10。 2. 在页面上方的搜索栏中输入基因组名称，如“hg19”，然后点击搜索按钮。 3. 点击搜索结果中的“Genome Browser”，进入基因组浏览器页面。 4. 在页面上方的“Tools”选项卡中选择“Downloads”选项。 5. 在“Downloads”页面中，选择“Sequence”选项卡，然后选择要下载的参考基因组版本，如“hg19”。 6. 在“hg19 Downloads”页面中，选择要下载的数据类型，如“Full Data Set”。 7. 在页面底部，选择“By Chromosome”或“By Entire Genome”，然后点击“DOWNLOAD”按钮。 8. 根据提示完成下载过程。 以上步骤可以用于下载UCSC网站上的hg19/hg38/mm9/mm10参考基因组。需要注意的是，不同的基因组版本下载方式可能会有所不同，具体操作还需要根据实际情况进行。
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