Nature | 新技术scSLAM-seq可在单细胞水平揭示转录动态变化的核心特征

原文地址：https://doi.org/10.1038/s41586-019-1369-y


scSLAM-seq reveals core features of transcription dynamics in single cells


摘要

单细胞转录组测序（single-cell RNA-seq, scRNA-seq）强调了细胞间表达异质性在健康和疾病表型变异中的重要作用。然而，目前的scRNA-seq方法仅仅提供了基因表达的一个快照，很少传达关于转录的真实时间动态和随机特性的信息。scRNA-seq分析的另一个关键限制是每个细胞的RNA图谱只能分析一次。原文作者开发了单细胞巯基连接的RNA烷基化代谢标记测序技术scSLAM-seq，它整合了代谢RNA标记、生化核苷转化和scRNA-seq，通过区分每个单细胞数千个基因的新老RNA来直接记录转录活性。通过使用scSLAM-seq来研究裂解性巨细胞病毒在单个小鼠成纤维细胞中的感染情况。从旧RNA推断出的细胞周期状态和感染剂量使得能够基于新RNA进行剂量反应分析。因此，scSLAM-seq既可视化又解释了单细胞水平转录活性的差异。此外，scSLAM-seq描述了宿主基因表达中的“开-关”控制和转录动力学，以及与启动子内在特征(BP–TATA-box相互作用和DNA甲基化)相关的广泛基因特异性差异。因此，基因特异性而非细胞特异性的特征解释了单个细胞之间的转录组异质性和转录对扰动的反应。


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前言

SLAM-seq技术可将细胞短暂暴露于核苷类似物4-硫尿苷(4sU)。4sU在转录过程中被整合到新的RNA中，并在RNA测序前用碘乙酰胺转化为胞嘧啶类似物。源自新RNA的测序读段（reads）可以在总RNA读段库中根据特征性的铀转化为碳的转化进行鉴定。通过应用SLAM-seq技术在单细胞水平上解决裂解性小鼠巨细胞病毒(CMV)感染的发作。在优化单细胞测序(scSLAM-seq)(图1)后，原文作者在107个小鼠成纤维细胞上构建scSLAM-seq，并使用(大量)SLAM-seq并行分析匹配较大(1× 10)细胞群体(n = 2)的全局转录变化。在对具有超过2，500个可检测基因的细胞进行质量过滤后，剩余样品(49个巨细胞病毒感染的，45个未感染的细胞)显示了高质量scSLAM-seq文库的所有特征，包括4%至6%之间的U-C转化率。因此，在单细胞水平上，4sU的结合既有效又均匀。


结果和讨论

由于4sU