蛋白质鉴定检测

一、检测服务简介

通过纳流液相—超高分辨率质谱联用技术，对目的蛋白进行鉴定，得到样品所含有的蛋白信息。

二、样品类型

免疫共沉淀(Co-IP)后续实验蛋白液、SDS-PAGE蛋白胶条带（COIP，SDS-PAGE蛋白胶我司可以提供服务）、未知分泌蛋白、市场产品蛋白粉等等
三、实验基本流程
1.蛋白溶解到裂解液中
2.加入还原剂，使蛋白打开二硫键，再通过烷基化试剂封闭
3.加入胰酶，酶切过夜，使蛋白变成多肽形式
4.通过纯化装置，纯化多肽
5.上机检测，数据分析
四、检测平台简介
    蛋白鉴定除了标准的前处理步骤，上机检测的平台也非常的重要。特别是对于丰度较低的蛋白。我司采用的是赛默飞Orbitrap Fusion Lumos 三合一高分辨液质，是目前蛋白组鉴定使用最广泛且效果最好的平台，拥有超高的灵敏度及超高分辨。

    P1.仪器类型图

三合一结构—包括四极杆质量过滤器，线性离子阱和 Orbitrap 质量分析器，超高分辨率高达 500,000 FWHM，同位素精确度在m/z 200 下高达 240,000 FWHM Orbitrap 和线性离子阱 MSn 分析的采集速率均高达 20 Hz

• 具有智能ADAPT™（全息动态并列运行技术）的 MS 和 MSn 分析完全并行，用于MS 和 MSn 实验的同步母离子选择（SPS）显著提高了可识别的肽段和蛋白质，提高了使用同重同位素标记（TMT）时的定量精度

• 裂解灵活性—无论是Orbitrap 或线性离子阱检测器，CID、HCD 和可选的 ETD 以及EThcD 可用于任何级数的MSn 分析，为代谢组学、多糖和其他小分子测定详细的结构信息

• 通用的方法识别最高数量的肽段，无需对未知浓度样品进行方法优化，为日常肽段识别实验减少样品和仪器花费时间

• 直观而灵活的拖放式用户界面简化了方法开发，并实现独特而复杂的工作流程

五、搜索数据平台。

下机数据包含了非常多的信息，对原始数据解读是一个挑战。我司采用商业化主流软件PEAKS进行处理。PEAKS是在已经在世界知名大学、研究院、及药物工业顶尖实验室广泛使用的软件。可以用于对蛋白质串联质谱数据的谱库检索、定量分析、和 de novo 未知序列解序。这个软件支持各种裂解模式(CID, HCD, ECD, ETD, PSD, PQD)，提供已广为人知的 de  novo未知序列解序功能，尤其擅长对 ETD 裂解数据的解析，轻松鉴别蛋白质翻译后修饰，鉴定已知和未知肽段。

                                               P2.鉴定结果展示