研究前沿|NAR：一个综合性的植物代谢组数据库

引言

2023年10月，华中农业大学小麦改良创新团队陈伟教授课题组在Nucleic Acids Research发表题为“PMhub 1.0: a comprehensive plant metabolome database”的文章，系统介绍了他们开发的植物代谢分析网站（PMhub）的功能与价值。PMhub数据库通过整合公共质谱数据、自己的多种植物代谢质谱数据、转录组数据和基因组数据等，为研究人员提供植物代谢物查询、代谢物结构解析、代谢物网络分析和代谢物遗传分析等功能（图 1）。

图1 PMhub的主要功能以及流程

数据库介绍

数据库信息总结

    PMHub（https://pmhub.org.cn）包含了从不同来源收集的188,837种植物代谢物的化学数据，以及与这些代谢物相对应的1,467 ,041个标准/硅内高分辨率串联质谱仪(HRMS/MS)光谱。除了其广泛的文献衍生数据，PMHub还拥有相当大的实验代谢物集合；它包含10个典型植物物种的144 ,366个检测到的特征，其中16,423个特征成功地通过使用标准/硅内HRMS/MS数据进行注释，该集合进一步补充了从参考代谢物收集的数千个特征。

数据库界面及功能示例

主页清晰明了，搜索框可以查找特定的代谢物，可以试一试！

可以进一步分析，选择Feature Analysis。

可以查找每个物种每条染色体上面对应的代谢物有哪些，以水稻为例我们来进行分析。

最后数据库还提供了物种的代谢分析，基因注解，基因KO号的下载，还是非常实用的。