NCBI引物设计、检验引物特异性、检索基因序列、BLAST

B站upLily的储物间

NCBI 引物设计及检验引物特异性

primer-BLAST设计引物

进入primer-BLAST

1.进入ncbi中的BLAST

2.下拉选择primer-BLAST

primer-BLAST基本设置

 

产物大小min500 max700 太小不好，太大难p

提交

 

结果

设计引物

 

 

 

选择fasta模式

 

后面一样的

引物特异性检验

检验引物在基因组中是否能p出特异性片段

还是primer-BLAST

 

结果与设计引物时相同

主要应用在参考别人的引物，设计出来的放到其他基因组中是否可行

NCBI检索基因序列及结果分析

 

 

 

 

 

NCBI中的BLAST进行目标序列与数据库序列的序列对比

已知一个核酸序列，需要得到他的注释信息

到ncbi.nlm.nih.gov 网站中

 

ncbi中blast界面

Nucleotide BLAST

Align two or more sequences 进行多条序列比对

结果

Taxonomy分类比对出来的是什么物种

Score值，算法下的得分；表示两序列的同源性

E值越小越好；在随机的情况下，其它序列与目标序列相似度要大于这条显示的序列的可能性；越小随机下越不可能；