PLUMED 及 GROMACS with PLUMED 安装教程

本文意在指导读者安装 PLUMED 及与其适配的 Gromacs。需要注意的是，我们需要先安装好 PLUMED，然后利用其对 Gromacs 安装包进行处理，随后才可以编译出可以使用 PLUMED 的 Gromacs 版本。

PLUMED 安装

PLUMED官网为 https://www.plumed.org/download，请前往此处下载。然后解压：

tar -xzvf plumed-2.9.0.tgz
cd plumed-2.9.0/

运行（$PLUMEDDIR是你的 PLUMED 安装目录）：

./configure --enable-mpi --prefix=$PLUMEDDIR

make
make install

编译完成后配置环境变量，在~/.bashrc中添加：

# plumed
export PATH=$PATH:$PLUMEDDIR/bin
export PATH=$PATH:$PLUMEDDIR/include
export PATH=$PATH:$PLUMEDDIR/lib
export PATH=$PATH:$PLUMEDDIR/lib/pkgconfig
export PLUMED_KERNEL=$PLUMEDDIR/lib/libplumedKernel.so
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$PLUMEDDIR/lib

在 shell 里面运行：

source ~/.bashrc
plumed help

如果出现报错如下，应当是动态库没配置好（export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$PLUMEDDIR/lib 这个），再检查一下：

plumed: error while loading shared libraries: libplumedKernel.so: cannot open shared object file: No such file or directory

Gromacs with PLUMED 安装

以 gmx2023 版本为例，基本流程请参考 GROMACS的安装方法 by Sobtop 。这里直接从第三步 安装GROMACS 开始介绍（因为添加 PLUMED 补丁就是从这一步进行的）。解压并对 gmx2023 添加补丁：

tar -xzvf gromacs-2023.tar.gz
cd gromacs-2023/
plumed patch -p 

会出现：

PLUMED patching tool

1) gromacs-2020.7     4) gromacs-2023      7) namd-2.14        10) qespresso-7.0
2) gromacs-2021.7     5) namd-2.12         8) qespresso-5.0.2
3) gromacs-2022.5     6) namd-2.13         9) qespresso-6.2
Choose the best matching code/version:
# 输入 4

可能会出现 FAILED：

Hunk #1 FAILED at 257.
1 out of 1 hunk FAILED -- saving rejects to file ./cmake/gmxVersionInfo.cmake.rej

这个不会对安装有影响，是版本信息的问题（不知道为什么会有这个报错）。

然后进行cmake编译即可（后续添加环境变量等不再赘述，还是请参考 Sobtop 老师的博文）：

mkdir build
cd build
export CMAKE_PREFIX_PATH=
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=

最后检查 gmx 版本：

gmx -version

显示如下即为成功：

...
GROMACS version:    2023-plumed_2.9.0
Precision:          mixed
...

使用 GMX + PLUMED 的一点注意事项

如果在使用gmx mdrun -plumed过程中出现如下报错：

starting mdrun 'Protein in water'
25000000 steps,  50000.0 ps.
terminate called recursively
terminate called recursively
terminate called recursively
terminate called after throwing an instance of 'PLMD::ExceptionError'
Aborted (core dumped)

可能是 MPI 的问题，需要在原有 GMX 运行指令上指定 mpi 数量为1，例如：

gmx mdrun -v -deffnm md_1_1 -plumed plumed.dat -ntmpi 1