人类基因组参考序列及基本注释数据下载

1. 从UCSC下载hg38参考序列及注释数据

# 下载到当前文件夹 
wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/md5sum.txt  #for checking 

wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz

# gtf注释文件
wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/genes/hg38.ncbiRefSeq.gtf.gz
wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/genes/hg38.refGene.gtf.gz

 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables选择注释数据下载

2. 从Ensemble 下载

文件位置 http://ftp.ensembl.org/pub/

# 下载gtf注释文件
wget http://ftp.ensembl.org/pub/current_gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.104.gtf.gz

3. 从ncbi 下载

选择下载相应的文件

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=homo+sapiense

参考：

参考基因组及注释文件下载 - 小xuo生 - 博客园