【论文阅读笔记】U-Mamba: Enhancing Long-range Dependency for Biomedical Image Segmentation

最新推荐文章于 2024-08-04 00:43:07 发布
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分类专栏： 医学图像分割 Mamba 文章标签： 论文阅读 笔记
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本文介绍了一种名为U-Mamba的新型网络结构，通过结合CNN的局部特征提取和SSM的长程依赖性，改进了生物医学图像分割。实验结果显示，U-Mamba在多个任务中超越了先进CNN和Transformer，特别是在CT和MR图像、内窥镜器械和细胞分割方面表现出色。

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Ma J, Li F, Wang B. U-Mamba: Enhancing Long-range Dependency for Biomedical Image Segmentation[J]. arXiv preprint arXiv:2401.04722, 2024. 【开源】

本文对Mamba结构用于图像领域进行了简单的探索，就结构来说没有特别多创新，就是插入了Mamba块，但可以遇见下一个坑的到来。

【核心思想】

将CNN的局部特征提取能力与状态空间序列模型（SSM）的长程依赖性能力相结合。这种混合的CNN-SSM块使网络能够有效处理长序列，并具有自适应机制以适应各种数据集。

在四个不同的任务上进行了广泛的实验：CT和MR图像中的3D腹部器官分割、内窥镜图像中的器械分割以及显微镜图像中的细胞分割。在所有这些任务中，U-Mamba都展示出了优于现有最先进的CNN和Transformer网络的性能。

【网络结构】

  • 基本结构

U-Mamba采用了一个编码器-解码器（encoder-decoder）的网络结构，这种结构能够同时捕获局部特征和长程上下文。它由两个主要部分组成：编码器和解码器。

  1. 编码器：U-Mamba的编码器部分由特殊的构建块组成，这些构建块包括两个连续的残差块（Residual blocks），后接一个基于SSM的Mamba块。这种设计使得网络能够在保持对局部特征的敏感性的同时，增强对长程依赖性的建模能力。
  2. 解码器
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医图论文 Arxiv‘24 | UU-Mamba：用于心脏图像分割的不确定性感知U-Mamba
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U-Mamba: Enhancing Long-range Dependency for Biomedical Image Segmentation
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01-22 4889
卷积神经网络(Convolutional Neural Networks, cnn)和transformer是生物医学图像分割中最流行的架构，但由于固有的局部性或计算复杂性，它们处理远程依赖关系的能力有限。为了解决这一挑战，我们引入了U-Mamba，一个通用的生物医学图像分割网络。受状态空间序列模型(ssm)的启发，我们设计了一个混合CNN-SSM块，它将卷积层的局部特征提取能力与ssm捕获远程依赖的能力相结合。状态空间序列模型是一种以处理长序列的强大能力而闻名的新型深度序列模型。
【Mamba】（202401）U-Mamba: Enhancing Long-range Dependency for Biomedical Image Segmentation
Edward的博客
04-02 3482
本文介绍了一种名为U-Mamba的通用生物医学图像分割网络，该网络旨在改进卷积神经网络（CNN）和Transformer在处理长距离依赖性方面的局限性。由于局部性和计算复杂性，CNN和Transformer在处理这类问题时能力有限。受状态空间序列模型（State Space Sequence Models, SSMs）的启发，我们设计了一个混合型CNN-SSM模块，它结合了卷积层强大的局部特征提取能力和SSMs捕捉长程依赖性的能力。
日常阅读论文——U-Mamba
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08-04 1503
很抽象。卷积神经网络（CNNs）和变换器（Transformers）是生物医学图像分割中最常用的两种结构，但由于其固有的局部性和计算复杂性，这两种结构在处理长范围相关性方面的能力都很有限。为了解决这一难题，我们引入了U-Mamba，一种用于生物医学图像分割的通用网络。受状态空间序列模型（SSM）的启发，我们设计了一个混合CNN-SSM模块，该模块将卷积层的局部特征提取能力与SSM捕捉长相关性的能力相结合。此外，U-Mamba还拥有一个自配置机制，使其能够自动适应各种数据集，而无需人工干预。
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07-01 430
然后，将形状为 (B, C, H, W, D) 的图像特征展平并转置为 (B, L, C)，其中 L = H × W × D。在第一个分支中，特征通过线性层扩展为 (B, 2L, C)，后面跟着 1D 卷积层、SiLU 激活函数，并与 SSM 层一起扩展。最后，将特征投影回原始形状 (B, L, C)，然后重塑并转置为 (B, C, H, W, D)。文章对四个不同的任务进行了广泛的实验，包括 CT 和 MR 图像中的 3D 腹部器官分割、内窥镜图像中的仪器分割以及显微镜图像中的细胞分割。
从Encoder-Decoder到Mamba网络
sca1p31的博客
07-10 1475
最近还是在做流量分类的项目，之前试过一些CV的方法，现在想结合NLP来做一些实验。于是准备从embedding开始学习，需要了解onehot编码，同时学习一些相关的编码方式以及NLP发展过程中经典的模型和结构，在这里对整个学习过程做一个记录。
刷新多个SOTA！最新Mamba魔改版本超越transformer，GPU内存消耗减少74%
学姐带你玩AI的博客
02-23 4566
因模型规模的扩展和需要处理的序列不断变长，transformer逐渐出现计算量激增、计算效率下降等问题。为克服这些缺陷，研究者们提出了Mamba。Mamba是一种创新的线性时间序列建模方法，它结合了递归神经网络（RNN）和卷积神经网络（CNN）的特点，以提高处理长序列数据时的计算效率。Mamba的设计和实现都展现出在处理长序列时的优势，在语言建模方面成功超越transformer。因此，面向Mamba及其魔改变体的研究也逐渐成为了热门，出现了很多可挖掘的创新点。为帮助同学们获取灵感，我整理了。
mamba 安装Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Solving environment: -
09-15
mamba 安装时出现"Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Solving environment: -"错误信息通常表示在解决依赖关系时出现问题。为了解决这个问题，你可以尝试以下方法之一： 1. 确保你的mamba和conda版本是最新的。可以通过运行以下命令来更新mamba和conda： ``` mamba update mamba conda ``` 2. 尝试使用`--no-channel-priority`参数进行安装。运行以下命令来安装软件包： ``` mamba install --no-channel-priority <package-name> ``` 3. 创建一个新的虚拟环境，并在新的环境中尝试安装软件包。你可以按照以下步骤来创建和激活新的虚拟环境： ``` mamba create --name myenv conda activate myenv mamba install <package-name> ``` 请注意，以上方法中的每一种都有可能解决你的问题。如果一个方法不起作用，你可以尝试另一个方法。希望这些方法能够帮助你成功安装软件包。
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